내년부터 국세인 부가가치세의 5%(약 2.3조원)가 지방소비세로 전환돼 지방 재정으로 산입된다. 이에 따라 내국세에 연동돼 있는 지방교육재정교부금이 약 4600억원 자연 감소될 전망이다.

이와 관련 행안부는 시도세 총액 증가에 따른 시도교육청 전출금 확대분(1100억원)을 제외한 3500억원의 교육재정 감소분을 교육교부율 인상을 통해 보전하기로 했다. 즉, 현재 내국세의 20%인 지방교육재정교부금 교부율을 0.27%p(약 3500억원) 인상하기로 관련 부처와 합의했다. 대신 동일 액수만큼 지방교부세율은 인하(19.27%→18.97%)하기로 했다.
이에 따라 교과부는 지방교육재정교부금법 개정안을 마련해 정기국회에 제출한 예정이다.

행안부는 또 2013년부터 부가가치세의 5%를 지방소비세로 추가 이양하기로 했다. 이와 관련 교과부는 “교부금 자연 감소분만큼 내국세 교부율을 또 올릴 것”이라고 설명했다.

한편 교육재정을 전액 보전한다고는 해도 안정적인 내국세보다 지방소비세에 의존하게 되면 재정확충이 불안정해져 교육사업이 차질을 빚을 거란 우려도 높다.

당초 정부는 교육재정 감소분을 전액 시도 전출금 증액(시도세 총액대비 전출비율 인상)으로 보전하려 했지만 교총, 교과부 등이 “교육교부율을 올려야 한다”고 촉구해 타협이 이뤄진 것으로 알려졌다.