지지자들은 혁신학교 문제를 지적한 기사를 두고 혁신학교에 대한 의도적인 흠집 내기, 보수 언론의 정치적 공격이라고 말한다. 하지만 과연 이들의 주장처럼 혁신학교는 불합리한 공격만 받고 있는 것일까.
 
한 교육계 고위관계자는 “혁신학교는 ‘공교육 혁신’이라는 좋은 취지로 추진됐지만 오히려 이해당사자들이 이를 정치적 수단으로 이용해 비판받는 것”이라며 “공교육의 대표 모델로 발전시켜 나간다고 주장하면서 일반화가 어려운 전교조 거점학교로 만들고, 교육청을 통해 1억5000여만 원의 예산을 지원받으면서도 정당한 평가와 감사는 받지 않겠다고 한다”고 비판했다.

성과를 제대로 검증하지 않은 채 일방적 확대와 지원만을 강조하는 것도 문제점으로 지적된다. 혁신학교를 잘 아는 교육계 인사는 “일부 혁신학교의 비상식적 예산 사용, 방만한 운영, 학교구성원 간 갈등 등 불거지는 문제가 한두 가지가 아닌데 개선하기는커녕 덮으려고만 한다”고 꼬집었다.

늘 지적돼온 일반학교와의 형평성 문제는 차치하더라도 교육감이 지정하는 자율학교의 한 종류인데도 다른 자율학교들과는 달리 유독 혁신학교만 특별하니 추가지정을 확대해야 한다는 주장도 납득하기 어렵다는 의견이 많다. 서울시의회에서 불발된 혁신학교지원조례를 넘어서 이제는 학생·학부모가 원하면 지역에 관계없이 혁신학교로 지정될 수 있도록 혁신학교 특별법을 제정해야 한다는 논의도 나오고 있다.

혁신학교에서 이념논쟁을 빼자고 하지만 지지자들 역시 정치 논리에 매몰된다. 혁신학교 관련 포럼, 토론회에서는 내년 교육감 선거에서 진보교육감이 당선될 수 있도록 해야 한다는 목소리가 높다.

혁신학교를 두고 이제 ‘진보 대 보수’의 프레임이 아니라 ‘정상 대 비정상’의 프레임에서 봐야 한다는 이야기도 공공연히 나돈다. 지난 8일 국회 의원회관에서 열린 ‘혁신학교 포럼’에서 성열관 경희대 교수는 “혁신학교에 관한한 해당 교육감들은 ‘진보’ 교육감이라고 보기 어려우며, 논리적으로 ‘정상’ 교육감 또는 ‘정상화’ 교육감이라고 명명해야 한다”고 말했다. 혁신학교를 추진하면 ‘정상’ 그렇지 않으면 ‘비정상’이라는 것이다. 현재 혁신학교를 시행하고 있는 것은 서울·경기·강원·광주·전남·전북 등 6개 시·도 뿐이다. 이들의 논리대로 라면 나머지 다수의 11개 시·도가 비정상인 셈이다.