교육부총리제는 김대중 정부(1998~2003)가 2001년 교육부를 교육인적자원부로 개편하면서 처음 도입됐다.

1대 한완상 교육부총리를 시작으로 다음 정부인 노무현 정부(2003~2008)가 끝나는 시점까지 총 8명의 교육부총리가 배출됐다. 이후 이명박 정부가 교육인적자원부를 교육과학기술부로 개편하며 다시 교육부장관으로 회귀했다.

교육부총리제는 종전 교육부의 기능에 더해 여러 부처에 산재했던 인적자원 개발업무(학교교육, 직업교육, 평생교육)를 총괄·조정하는 의미에서 신설됐다. 그러나 예산, 정원 주무 장관에 대한 정책조정권이 없어 ‘무늬만 부총리’로 정책 효과는 크지 않았다. 오히려 난마처럼 얽힌 교육에 대한 관심과 투자가 약화되고, 교육계 내 갈등 조정역할도 미흡했다는 게 교육계의 평가다.

초대 교육부총리인 한완상 장관(2001.1~2002.1)은 교직 전문성 신장과 사기진작을 위해 ‘교직발전방안’(2001.7)을 발표하며 정원 대폭 증원과 보수 인상, 자율연수 휴직제 등을 내걸었다. 하지만 정부 차원의 의지를 견인하지 못하고 예산도 확보하지 못해 제대로 시행하지 못하면서 사실상 예산, 정원권이 없는 부총리의 한계를 드러냈다. 또한 학교 현실보다는 경제적 효율성에 입각한 교원성과급제를 도입(2001.9)함으로써 지금까지 교단 갈등의 불씨가 되고 있다.

노무현 정부 때도 교육부총리에 대한 인사와 정책을 둘러싸고 잡음과 갈등이 끊이지 않았다. 윤덕홍 장관(2003.3~12) 재임기간에는 NEIS(교육행정정보시스템) 도입과 교원 지방직화 추진으로 인한 갈등과 혼란이 컸다. 윤 장관은 NEIS 혼란 유발에 대한 교총의 퇴진 서명운동 등에 부딪혀 결국 낙마했다. 교원 지방직화도 교원단체의 반발에 백지화됐다.

김영삼 정부에 이어 두 번째 입각을 부총리로 하게 된 안병영 장관(2003.12~2005.1)은 ‘공교육정상화를 통한 사교육비 경감대책’(2004.2)을 발표해 논란을 빚었다. EBS 인터넷 수능방송의 실효성에 대한 교단의 부정적 시각이 여전하고, 교원평가제 도입은 교총 등의 반발로 논란만 빚으며 무산됐다.

하지만 경제부총리 출신인 김진표 장관(2005.1~2006.7)은 교원평가의 목적, 학생·학부모의 평가 참여, 평가방법 등의 부적절성에도 불구하고 시범실시 방안을 확정(2005.11)해 밀어붙였다. 초·중등학교는 물론 대학 교육경력과 교육행정경력이 전무한 교육부총리의 기용은 교육을 경제논리로 푸는 신호탄이 될 것이란 교총의 우려가 현실화된 것이다.

김신일 장관(2006.8~2008.2)은 2006년 8월, 교육혁신위원회가 마련한 ‘교원정책개선방안’에 따라 무자격 교장공모제를 2007년 9월부터 시범실시하며 파란을 일으켰다. 교육경력 15년 이상인 교원이면 교장이 될 수 있게 한 데 대해 전교조는 또 다른 교장선출보직제로 찬성했고, 교총은 “승진제의 근간을 흔들고 교단을 정치장화 하고 있다”며 지속적으로 폐기를 촉구하는 상황이다.

부처 조정역할의 미명 하에 교육부총리가 ‘정무형 장관화’되는 등 구설수에 올라 낙마하기도 했다. ‘왕(노무현 대통령)의 남자’로 불린 김병준 부총리(2006.7~2006.8)는 청와대 정책실장 시절 ‘세금 폭탄’ 발언을 하며 부동산 정책을 강력히 추진해 능력을 높이 샀지만 논문 표절 등이 문제시 돼 19일 만에 사퇴했다. 과학계 인사인 이기준 부총리는 서울대 총장 시절 사외이사 겸직과 아들 국적포기 등 도덕성 시비가 일며 취임 사흘 만에 물러났다.

교총은 “이전 정부의 교육부총리가 각 부처의 인적자원 개발 총괄업무에 그친 상황에서도 인사, 정책 추진과정에서 갖가지 잡음과 갈등을 초래했다”며 “이 점에서 교육·사회·문화 분야를 광범위하게 통할하는 사회부총리의 교육부장관 겸직은 정무형 장관화와 교육전문성 약화, 교육 홀대로 이어질 것”이라고 재고를 촉구했다.