1991년 지방교육자치에관한법률이 제정된 이후 현재까지의 제도 변화는 교육위원과 교육감의 선출방법과 자격 등에 관한 사항이 주를 이루며 기타 교육위원 수 축소, 회기 연장 등의 변화가 있었다.

먼저 교육위원의 경우 정수는 시·도의 자치구수 또는 교육청수와 동일(시·도별로 7∼25인으로 총 235명)하게 운영됐으나 1995년에 시·도의 인구, 지역특성을 감안해 (시·도별로 7∼15인) 총 146명으로 축소됐다. 그리고 그 자격 기준은 위원정수의 2분의 1 이상은 교육행정경력 15년 이상이었으나 1995년에는 위원정수의 2분의 1 이상은 교육행정경력 10년 이상으로, 다시 1997년에는 위원정수 2분의 1 이상은 교육 또는 교육행정경력 10년 이상 혹은 양경력을 합해 10년 이상 등으로 축소 및 융통성 있는 경력 산정으로 변해 왔다.

임기는 4년으로 변화가 없었으며, 선출은 당초 기초의회에서 추천한 2인 중 광역의회에서 무기명 투표로 1인 선출 방식으로 운영됐으나 1997년에 학교운영위원회 대표, 교원단체 대표 등으로 구성된 선거인단이 선출하는 방식으로 변했고, 다시 2001년에는 학교운영위원회 위원 전원으로 구성된 선거인단이 선출하는 방식으로 선거인단 수를 확대했다.

한편 교육감의 경우 당초 교육위원회가 선출하는 방식으로 시작했으나 1997년 교육위원과 마찬가지로 학교운영위원회 대표, 교원단체 대표 등으로 구성된 선거인단이 선출하는 방식으로 변화했으며, 2001년에는 역시 교육위원과 마찬가지로 학교운영위원회 위원 전원에 의한 선거인단 구성 방식으로 변화해 왔다.

그리고 자격 기준의 경우 학식덕망, 지방의회 의원 피선거권, 비정당원, 교육행정 경력 20년 이상 등의 기준으로 시작했으나 1995년에 15년 경력으로 축소됐고, 다시 1997년에 5년으로 경력 기준을 대폭 축소해 오늘에 이르고 있다. 이러한 변화 중 1998년 이후의 변화는 국민의 정부에서 실행되었던 변화로서 교육위원 축소와 학교운영위원회 위원 전원에 의한 교육위원 및 교육감 선거인단 구성 등이 있다.

그러나 실제 교육위원 및 교육감 선출과 관련하여 2000년 1월에 '공직선거 및 선거부정방지법' 이 법은 헌법과 지방자치법에 의한 선거가 국민의 자유로운 의사와 민주적인 절차에 의해 공정히 행하여지도록 하고, 선거와 관련한 부정을 방지함으로써 민주정치의 발전에 기여함을 목적으로 하고 있다.

'일명 공선법'에 규정된 각종 선거 관리 내용을 '지방교육자치에관한법률'에 적용하는 등의 변화가 있었다. 즉 선거관리업무를 선거관리위원회에 위탁하고, 선거 운동시 언론기관 초청·대담 토론회를 허용하는 등 선거운동 범위를 확대하고 기타 대부분의 사항을 공선법을 준용하는 등의 개선이 있었다.