교육행정정보시스템(NEIS) 시행과 관련 국가인권위원회가 12일 교무.학사 등 입력사항에 대한 인권침해 소지 여부 판단을 넘어, 기존 시스템인 CS를 보완 시행토록 권고하자 그 동안 정부 방침에 따라 NEIS 시행에 들어가 있는 대다수의 학교들이 큰 혼란에 빠졌다.

대부분의 교원들은 교육부가 국가인권위의 권고 결정을 전폭 수용할 것인지 아니면 학교 혼란을 막을 수 있는 방안을 제시할 것인지 예의 주시하면서 "교육부총리가 성급하게 인권위 결정을 따르겠다고 약속한 것이 화근"이라고 분개했다. 국가인권위의 권고 결정대로 CS로 돌아가거나 CS와 NEIS를 이중으로 운영할 경우 더 큰 정보관리의 혼란, 교원들의 과중한 부담, 과다예산의 소요(교육부 추산 2조 1천억) 등 엄청난 부작용이 불 보듯 뻔하기 때문이다.

교총은 13일 성명을 통해 "교육부는 학교 혼란을 막고 원활한 학사운영이 가능하도록 책임 있는 대책을 조속히 수립·제시하라"고 촉구했다. 교총은 또 "국가 인권위의 권고 결정은 학교현장에 미칠 수 있는 학사운영 차질, 시스템 이중 운영상의 혼란 등을 충분히 고려하지 못한 과도한 권고 결정으로 심히 유감스럽게 생각한다"면서 "교무.학사 등을 단위학교 차원이 아니라 전국적인 공동망에 의해 관리하는 것이 문제라면 의료보험 등 타 행정전산망도 모두 인권침해 소지가 있는 것으로서 국가차원의 전산망이 즉각 중단돼야 한다는 주장으로밖에 해석되지 않는다"고 반박했다.

한편 교총은 14일 전국 각급학교 교원들을 대상으로 긴급 여론조사를 실시했다. 혼란 사태를 극복할 대안도 물은 이번 조사에서 교원들은 "NEIS 보다 CS가 문제가 훨씬 많은데다 이미 97%나 이행된 업무를 이제 와서 교육부가 인권위 권고에 따라 다시 CS로 되돌리려 한다면 정부 방침에
순응한 절대 다수의 교사들을 두 번 바보로 만드는 꼴"이라며 "이 경우 자의적인 정보인권 명분에 밀려 과거로 가는 CS 회귀 작업을 거부하는 운동을 벌여야 한다"는 등 인권위 결정에 대한 반대 여론이 우세한 것으로 나타났다.