교총은 최근 서울시교육청 교장공모제 심사에서 심사위원회를 통과한 후보자 중 4명이 1, 2순위가 바꿨다는 보도와 관련해 우려를 표명하며, 즉각적인 순위 원상복구를 요구했다. 

교총은 11일 "서울시교육청 교장공모제 심사에서 당초에는 계획돼 있지 않던 교사 평가와 교육감 심층면접이 도입돼 교장공모제심사위의 추천순위가 바뀌는 일이 벌어졌다"며 "갑작스런 제도 변경은 교장공모 응모자의 신뢰를 보호하지 않은 절차상의 흠결"이라고 지적했다.

또 교총은 "교육감 심층면접으로 인해 교육감의 인사 재량권 남용의 우려가 커졌다"면서 "교사 선호도 평가 도입도 학교장의 소신과 책임 경영의 의지를 위축시키고, 학교를 정치장화 할 소지가 높아졌다"고 비판했다.

김동석 교총 대변인은 "서울시교육청은 교장공모심사위원회의 결정을 존중하고 '교사 선호도 조사'로 교장공모 추천순위가 바뀐 것은 즉각 철회해야 한다"며 "교과부도 제도에 대한 철저한 재점검을 통해 이러한 일이 재발되지 않도록 방안을 마련해야 한다"고 촉구했다.