국립학교가 관심 사각지대에 방치돼있다는 불만의 소리가 해당학교 교원들 사이에 비등하고
있다. 이 같은 비판은 특히 국립 교-사대 부속학교 이외의 국립학교에서 일고 있다.

현재 부속학교 이외의 교육부 직속 국립학교는 특목고인 국악고와 부산-인천해사고, 실업계고인 구미전자공고, 부산-전북기계공고, 그리고 특수학교인 서울맹학교-서울농학교-한국선진학교-한국우진학교-한국경진학교 등 11개교가 있다.

이들 국립학교는 설립 목적이나 운영 상황 등에서 편차가 많다. 따라서 공통적인 문제점을 추출하기가 쉽지 않으나 '공립보다 못한, 관심 사각지대에 방치돼 있다'는 데는 대부분 교원들이 인식을 함께 하고 있다.

국립학교 관계자들이 지적하는 공통적인 문제는 국립학교의 정체성을 확립하자는 것. '국립학교설치령'이 규정하고 있는 설립목적대로 국립학교의 지정과 운영이 이뤄져야 한다는 지적이다. 국가의 필요에 의해 공립학교와 다른 국립학교를 운영하기로 했으면 이에 걸맞는 행-재정적 지원이나 '메리트시스템'이 마련되어야 한다는 주장이다.

그러나 직속기관인 교육부에는 국립학교를 관리하는 전담 부서도 없고, 시·도교육청은 국립이란 이유로 관심밖 서자취급하기 일쑤라는 불만이다. 일부 국립학교는 소재지 교육청과의 비협조 분위기 때문에 심각한 인사 불이익을 받기도 한다. 인천해사고의 경우 인천시교육청의 인사규정에 따라 관내 공립교와의 1대1 인사교류가 거의 이뤄지지 못하고 있다.

이 학교에는 현재 교감자격증 소지자가 6명이나 되고 10년 이상 근무한 교원이 절반에 이를 만큼 인사적체가 심각하다. 부산해사고 역시 교감자격증 소지자가 4명이나 되지만 이들이 언제 부산시내 공립교 교감으로 나갈지는 미지수다.

경기도 안산시에 있는 한국선진학교 역시 교감자격증을 가진 교사가 4명이나 있지만 경기도교육청의 무관심으로 공립학교 전출이 '바늘구멍'이다. 같은 국립학교이지만 교·사대 부속학교에 주어지는 가산점이나 연구점수같은 '특례'도 이들 국립학교에는 적용되지 않는다. 공립학교 교직원에게 부여되는 해외연수 역시 국립학교는 '그림의 떡'이다.

공립학교의 경우 지방교부금에서 지급되는 특기적성교육 지원비나 교단선진화 사업비같은 것도 국립학교는 해당되지 않는다. 국립학교 교장들은 매년 신규사업을 벌이려면 직속기관인 교육부 뿐만아니라 지원부처(국악고는 문화관광부, 해사고는 해양수산부)와 기획예산처까지 순회하며 로비 활동을 직접 벌여야 한다. 특수목적고의 '특수한 사정'을 무시하는 처사도 문제다.

국악고의 경우 특별한 교육과정을 운영하고 있음에도 불구하고 교원 배치기준은 일반학교와 같은 기준이 적용된다. 따라서 전공수업조차 전담교사를 확보하지 못해 시간강사로 대체하는 시간이 적지 않다. 대부분 국립학교는 전국단위에서 학생을 선발하는 특수 목적학교이기 때문에 기숙사나 도서관, 생활관 등을 필수시설로 갖추고 있다.

그러나 이들 시설을 전담 관리할 인력이 제도적으로 확보되지 못하고 있다. 국악고의 경우 신임교사에게 기숙사 사감일을 맡기다가 최근에는 임시고용직을 채용했다. 국립학교 교장들은 이 같은 문제점을 해결하기 위해 최근 '교육부 직속 국립학교연합회'(회장 국악고 김성배 교장)를 구성했다.