교육부는 이해찬장관 재임 때인 98년 교원대로 통합했던 교장연수기관을 그 이전 상태인 서울대(서울지역 연수자 대상)과 교원대(기타지역 연수자 대상)으로 양분해 운영키로 하고 교원대에 1884명, 서울대에 411명을 각각 배분했다. 그러나 특수학교 교장자격연수자 29명은 교원대에서 일괄 실시한다.
올 교장연수는 1주(30시간)의 사전연수와 5주(150시간)의 본연수로 나눠 사전연수는 시·도별로, 본연수는 서울대와 교원대에서 각각 실시키로 했다. 그러나 지난해 실시하던 기업체 위탁연수는 폐지하는 대신 본연수에 일부를 흡수해 실시하기로 했다.
또 연수결과의 객관화, 실질화를 위해 평가위원회를 구성해 지필평가, 수행평가, 근태평가로 나눠 평가하되 일정기준 미달자는 미이수로 처리해 자비로 재교육을 받도록 했다. 평가는 사전연수 15%, 본연수 85%로 나눠 실시하되 사전연수의 경우 수행평가와 근태평가 방식을, 본연수는 논술평가, 수행평가, 근태평가 방식으로 실시한다.