5․31교육개혁은 초․중등 교육뿐만 아니라 대학교육에도 큰 변화를 가져왔다. 개혁방안에 따르면 획일적인 대학체제로 인한 문제점을 개선해 대학 수준을 세계수준에 도달할 수 있도록 하겠다는 것을 목표로 했다. 실현방안으로는 대학모형을 다양화․특성화하고, 대학의 정원과 학사운영을 자율화 하며, 대학설립기준도 준칙에 따라 가능하도록 했다. 또 대학평가를 강화해 행․재정적으로 차등 지원한다는 방침을 정했다.
이 같은 개혁방안은 여러 정부를 거치며 규제완화, 민영화, 개방화의 신자유주의 교육의 도입 및 확장으로 이어졌다. 5․31교육개혁을 시작한 문민정부에 이어 출범한 국민의정부는 교육 분야의 규제 완화를 이어받아 국립대 자율화 정책을 비롯해 법인화 정책의 기틀을 마련했으며, 참여정부는 ‘대학의 자율역량 강화’를 기치로 2003년 대학 자율화 추진계획을 발표하고 ▲입시를 포함한 학사 ▲정원 ▲대학교원 인사 ▲사학법인 운영 등 이른바 4대 자율 과제를 제시했다. 또 사립학교법 개정과 국립대 법인화를 완성한 정부이기도 하다.
이명박정부 역시 대학정책을 큰 틀에서 5․31교육개혁의 자율화에 맞췄다. 대입정원과 학생모집단위를 자율화하고, 학교법인의 임원 연임 시 보고사항을 법인 자율로 변경했다. 또 예산 범위 내에서 국립대의 조직과 운영을 자율화하도록 한 것도 이때다. 하지만 대학 내 교육, 연구와 관련해 민간기업의 유치를 허용하는 등 시장주의 철학이 강하게 진입한 시기도 바로 이명박정부 시절이라고 전문가들을 평가하고 있다. 대학의 특성화와 다양화를 표방한 현 정부 역시 대학 구조개혁의 본격화라는 신자유주의적 흐름이 유지 될 것으로 보인다.
이 처럼 역대 정부에서 대학정책의 기틀로서 비교적 일관되게 유지돼 온 결과 1996년 109개이던 4년제 대학 수는 지난해 156개로 늘었으며, 1개뿐이던 대학원대학은 42개로 증가했다. 대학진학률 역시 1994년 45.3%에서 2008년 83.3%를 정점으로 현재 70%대를 유지하며 고등교육의 일반화에 기여했다는 평가를 받고 있다.
하지만 학령인구 감소로 인해 2018년부터 대학 정원(55만 9036명)이 고졸자(54만 9890명)보다 많아지는 등 외부환경이 변하는데다 지나친 신자유주의 정책으로 인한 부작용들이 속속 드러나면서 이제 정책적 변화를 모색해야 한다는 의견이 나오고 있다.
김희규 신라대 교수는 “교육부가 지난해 8월 대학설립 준칙주의를 폐지한 것은 경쟁중심의 고등정책의 한계를 인정한 것으로 볼 수 있다”며 “교육부는 대학에 자율권을 줬다고 하면서도 뒤로는 다양한 평가로 관치의 모습을 보였던 것에서 벗어나 진정한 대학 자율 운영으로 위기를 돌파 할 수 있도록 다양한 정책을 마련해야 한다”고 밝혔다.
