한국교총은 곧 발족되는 교육혁신기구를 대통령 자문기구로 하는 안에 반대한다고 밝혔다. 교총은 특히 위원회를 특정 성향의 인사들로만 구성해서는 안 된다고 주장했다.

교총은 21일 열린 '참여정부 교육개혁의 방향과 과제' 공청회에서 제시된 '교육혁신위원회' 설립안에 대한 논평에서 교육혁신위 안이 노무현 대통령의 대선 공약사항인 '초당적·초정권적 교육개혁 추진기구안'과는 거리가 멀다고 지적했다.

특히 혁신위 준비단이 전교조 소속 교사나 참교육학부모회 학부모 등 편향적 인사들로만 구성돼 있어 준비단계에서부터 위원회의 정체성에 의문을 갖게 하며, 이들 인사들의 정책참여를 위한 자리확보용이란 의혹까지 제기되고 있다고 지적했다.

교총은 이와 함께 교육혁신위가 과거의 교육정책 결정체제나 추진방식을 답습하지 말고 장기적이고 안정적인 정책추진을 위한 초정권적 교육개혁기구가 되어야 한다고 주장했다. 이를 위해 대통령 직속의 심의·의결기구화하는 것이 바람직하다고 제안했다. 아울러 다양한 시각을 가진 인사들을 고르게 참여시켜 편향성에 대한 의혹을 잠재워야 한다고 요구했다.

교총은 교육혁신위가 국민과의 약속을 어기고 단순 자문기구로 전락하거나 특성 성향의 편향된 인사들로만 구성될 경우 교총 회원들의 중지를 모아 강력 대응할 것임을 밝혔다.