NEIS와 CS는 학교의 행정업무를 컴퓨터로 처리한다는 점에서 비슷하다. 그러나 CS는 인터넷 연결을 염두에 두지 않은 상황에서 나온 '작품'이고 NEIS는 인터넷 연결을 전제로 개발한 시스템이라는 것이 다르다. 따라서 NEIS는 CS와 달리 인터넷에 접속만 하면 서류 작성 입력을 마칠 수 있다. 당연히 데이터도 학교가 아닌 16개 시도교육청에 모이게 된다.

한군데로 정보가 모인다는 점 때문에 국가의 개인정보 수집 관리, 해킹을 당했을 때 피해가 크다는 등의 문제가 제기됐다. 그러나 나이스에 입력된 신상정보는 학부모의 경우 성명과 생년월일이며 학생은 성명, 주민등록번호, 성별, 주소, 사진 등 5가지뿐이다. 또 나이스를 통한 온라인 민원서비스는 초중학교 졸업 후 1년, 고등학교는 졸업 후 5년까지만 가능하다. 50년 간 인터넷에 학생정보와 학부모의 신용정보까지 떠다닌다는 주장은 따라서 왜곡된 것이며, 오히려 CS가 신상정보 유출에 대책이 없음이 밝혀져 있다.

NEIS가 보완해야 할 문제가 있지만 한층 발전된 시스템이라는 것은 다 아는 사실이다. 보완을 통해 얼마든지 고칠 수 있는 NEIS를 두고 CS로 돌아가자고 하는 것은, 칼이 녹슬 가능성이 있다고 돌도끼를 다시 꺼내 쓰자는 것과 무엇이 다른가.