논문 의혹으로 자진사퇴 압박을 받아온 김병준 교육부총리가 취임 13일만인 2일 사의를 표명하자 교육 및 시민단체들은 대체로 "적절한 판단"이라며 김 부총리의 결단을 평가했다.

그러나 몇몇 단체들은 교육부총리의 잦은 교체로 교육정책에 혼선이 올 것을 우려하거나 이번 사태에서 나타난 여론몰이식 정치공세에 유감을 나타내기도 했다.

한국교원단체총연합회(교총)은 성명서를 내고 "늦었지만 당연한 결정"이라며 "사태가 이 지경까지 이른 것은 '논문사태'가 직접적 원인이지만 내정 단계에서 불거진 '코드인사' 논란을 묵살하고 교육부총리에 임명한 것이 오늘의 사태를 자초했다고 본다"고 밝혔다.

교총은 또 "정부는 이번 사태에서 드러난 BK21 사업과 관련한 자료관리 및 심사과정의 허점 등에 대해서는 BK21 사업 전반을 철저히 재점검해 국민혈세가 낭비되는 일이 없도록 해야 한다"며 "다음 교육부총리는 50만 교원들이 걱정없이 믿고 따를 수 있는 교육자로서의 품격과 전문적 식견을 갖춘 인사가 임명되기를 바란다"고 당부했다.

전교조 이민숙 대변인은 "이번 사태가 더 길어져 업무 수행 공백이나 사회적 파장이 커질까봐 우려했는데 본격적으로 사의를 표명해서 잘됐다"며 김 부총리의 결단을 환영하면서 "차기 부총리는 교육적 전문성과 교육 공공성의 철학을 가진 사람이 돼야 하며 청문회를 통해 충분한 검증 절차를 거쳐 다시는 이런 혼란이 없기를 바란다"고 말했다.

참여연대 맑은사회만들기본부 이재근 팀장도 "사퇴결정은 적절한 판단"이라며 "논문 실적 부풀리기는 아무리 관행이라고 하더라도 옳지 않다는 것은 분명하고 교육부의 수장으로서 용납할 수 없는 일"이라고 말했다.

교육부총리가 너무 자주 교체되는 현상에 대해 우려하는 목소리도 적지 않았다.

학교를 사랑하는 학부모모임의 최미숙 대표는 "사퇴표명이 늦어도 너무 늦었다"면서도 "다만 백년지대계인 교육 수장이 자주 바뀌는 것은 바람직하지 않은 만큼 청와대에서 검증을 철저히 해 인선 단계에서부터 문제가 없는 사람을 후임 부총리로 임명해야 한다"고 말했다.

바른교육권실천행동 남승희 공동대표도 "여론이 너무 안 좋아 사의를 표명하는 것은 불가피하다고 봤지만 교육 수장이 이렇게 자주 바뀌는 관행이 생기면 학교 현장에 혼란이 오고 교육정책에 대한 정부 권위에도 영향을 줄 것"이라고 우려했다.

남 대표는 또 "여론재판으로 가는 일이 다반사로 일어난다면 다음에 어떤 정권이 들어서더라도 혼란은 반복될 것"이라며 김 부총리 논문의혹을 둘러싼 여론몰이식 공세를 꼬집기도 했다.

한국사립대학교수회연합회 손홍열 사무총장은 "지금 상황에서 사의 표명은 어쩔 수 없는 선택이었지만 학자로서 제대로 검증을 받지 못하고 정치 공세에 밀려 낙마했다는 사실이 안타깝다"며 "현정권 들어 교육부총리가 자주 교체되고 있는데 보통 문제가 아니다"고 지적했다.

경실련의 홍종학 정책위원장은 "대학이 그 동안 양적인 성장을 해온 것에 따른 한계가 이번에 드러났다. 따라서 대학의 구조조정과 연구의 질적 성장을 동시에 추구해야 한다"며 대학의 구조적 문제를 지적하면서 "이번 사태를 계기로 학계의 잘못된 관행 등이 개선되길 바란다"고 말했다.