교육자치와 일반자치 통합설에 대해 교육부가 적극적인 방어에 나섰다. 교육부는 최근 재경원, 기획예산처, 행자부 등 관련부처의 자치제 구조개편안 추진에 문제점이 있다고 보고 관련부처뿐 아니라 대국회나 대언론, 대국민 설득작업에 나섰다.

특히 교육위원회를 폐지해 지방의회로 일원화하고 교육감 역시 시·도지사 지명하는 부지사·부시장급으로 격하하며, 교육재정을 폐지해 일반회계에 편입하는 통합안에 대해 논리적 반박을 하는 한편, 교육계의 광범위한 반발 정서를 유도하고 있다.

교육부의 반박 논리에 따르면 통합안은 헌법(31조 4항)이 명시하고 있는 교육의 자주성·전문성·정치중립성과 정면 배치된다는 것이다. 즉 당적을 갖고있는 정치인 신분의 시·도지사가 교육감을 임명할 경우 교육의 정치중립성이나 자주성은 침해될 수밖에 없다고 지적하고 있다.

또 선거를 의식한 자치단체장이나 지방의회 의원들이 교육투자를 선거에 이용, 선심성 예산배분이 될 가능성이 크며 `한지붕(시·도지사)아래 두가족(교육자치·일반자치)'이 서로 다른 결재라인을 통해 운영됨으로써 양 부서간 유기적인 연계가 이뤄지기 어려우며, 따라서 관심 우선순위와 전문성 확보면에서 교육이 뒤쳐질 수밖에 없다는 것이다.

이밖에 교육부는 타부처에 의해 성안돼 논의되고 있는 자치제 구조개편안은 지나치게 경제논리에 치우쳐 교육의 특수성이 고려되고 있지 않고 있다고 비판하고 있다.

실례로 교육재정을 일반재정에 통합시키고 일반자치단체에 재정운영권을 부여하며, 교육세의 일부를 지방세로 전환해 투자책임을 자치단체가 지도록 하는 것은 국가의 교육에 대한 책임문제와 정면 상충된다는 주장을 펴고 있다.