교육부는 국민의 학습권 보장과 공교육의 정상화를 위해 기여입학제와 고교등급제, 본고사를 금지하는 이른바 '3불정책'을 반드시 유지한다는 확고한 입장을 갖고 위반 대학은 엄단한다는 방침이다.

교육부의 단호한 의지는 서울대 장기발전계획위원회가 정부의 3불 정책을 '암초 같은 존재'로 비유한 지 하루 만에 사립대 총장들이 3불정책 폐지를 요구한 이달 22일 김광조 교육부 차관보에 의해 표면화됐다.

당시 김 차관보는 긴급 기자회견을 열어 3불정책을 위반하는 대학에는 법령이 허용하는 모든 제재수단을 동원해 강력히 대응하겠다고 공개 경고했던 것.

이에 따라 교육부는 2008학년도 입시안에서 수능 비중을 높인 고려대와 연세대 등 서울 지역 7개 사립대와 서울대 등의 움직임을 정밀 관찰해 위반 사례가 발견되면 다양한 수단을 동원해 즉각 제재한다는 복안을 갖고 있다.
교육부에서 검토되는 제재수단은 재정지원 감축과 정원 동결, 정원 감축, 학과 폐지, 학생 모집 정지 등이다.

이중 가장 유력하게 검토되는 수단은 재정 제재다. 실제로 2005학년도 수시 1학기 모집에서 고교등급제 금지 규정을 어기고 고교간 학력차를 입학전형에 반영한 고려대와 연세대, 이화여대에 대해 약 10억원씩 재정 지원을 줄인 전례가 있다.
하지만 3불정책 폐지를 주장하는 사립대학들은 대부분 재정능력이 우수해 10억대 지원 감축은 '솜방망이' 수준이어서 실효성 논란이 예상된다.
교육부는 재정 제재가 '급브레이크' 역할을 하지 못한다면 정원 동결 및 감축 수단을 병행한다는 계획이다.

가천의대와 한서대, 서경대, 안양대 등이 입학정원을 늘리면서 높여야 할 수익용 기본재산 확보율을 맞추지 못해 2005년 정원감축 제재를 받았고 관동대도 의대 설립 부대조건을 이행하지 않아 입학정원 50명 감축 및 재정평가시 5% 감점 처분을 받았다.

동의대는 교육부 승인 없이 사범계 학생을 뽑아 정원 60명 감축 및 경고 조치가 취해졌고 전문대인 신성대는 정원 초과모집 등을 이유로 모집인원 감축과 전문대 특성화사업 지원액 20% 삭감 결정이 내려졌다.

3불 정책을 의도적으로 위반한 대학이 적발되면 이와 유사한 조치를 취할 수 있다는 게 교육부의 설명이다.

재정지원 감축과 정원 감축 조치에 불구하고 3불정책을 계속 위반한다면 '극약처방'으로 비유되는 학과 폐지나 학생 모집 정지 수단을 활용할 것으로 전망된다.

교육부 일각에서는 위반 대학을 검찰에 고발하는 방안도 고려되고 있으나 관련 법률의 미비로 사법처리가 가능할지는 의문이다.

참교육을 위한 전국 학부모회 등 4개 교육 단체가 비교내신제를 적용한 고려대와 연세대, 이화여대 총장과 입학처장을 업무방해 혐의로 2004년 10월 서울지검에 고발했으나 무혐의 처분을 받은 전례가 있기 때문이다.

검찰은 당시 3개 대학의 입학업무는 학생 선발의 재량권 범위 내에 있고 법리적으로도 (등급제 적용을) 업무방해 혐의로 형사처벌하기에 무리가 있다는 판단을 내렸다.

교육부 관계자는 "서울대와 사립대학들이 아직 3불정책을 위반한 것이 아니어서 현재로선 대학들의 움직임을 예의주시할 뿐이다. 하지만 위반 조짐이 나타나면 행정지도를 거쳐 모든 제재수단을 동원해 강력히 대응할 방침이다"라고 말했다.