교육부 직제가 종전의 2실 4국 8심의관 34과 체제에서 2실 3국 6심의관 30과 체제로 축소 개편되었다.
교육정보화국, 학교정책심의관, 비상게획관 등 국장급 3자리와 평생학습진흥과, 교육정보화지원과, 교육행정전산통계과, 공보담당관 등 4과가 폐지되었고 초등 및 중등교육정책과, 유아 및 특수교육정책과, 학교보건환경과와 교육시설과 등 6개과가 3개과로 통합되었으며 교육조사통게담당과와 교원복지과, 비상계획담당관 등 3개과가 신설되었다.
교육부 정원은 종전의 4백51명에서 4백23명으로 28명(일반직 10, 전문직 18) 감원되었다. 개편된 직제의 주요내용은, 교육정책기획관의 경우 종전 기획관리실 소속이었던 것을 차관 소속으로 변경했으며 교육조사통계 담당관을 신설했다.
기획관리실 소속으로 국장급 비상계획담당관을 과장급 비상계획관으로 개편했으며 교육정보화국을 과장급 교육정보담당관으로 축소 통합했다. 학교정책실의 경우, 국장급 학교정책심의관과 교육과정 정책심의관을 합쳐 교육과정정책심의관으로 했으며, 초등교육정책과 중등교육정책과를 합쳐 학교정책과로, 유아교육정책과와 특수교육정책과를 합쳐 유아·특수교육과로 통합했으며 교원정책심의관실 소속 2개과를 3개과로 확대해 교원복지과를 신설했다.
그러나 학교정책실에 소속돼 있던 지방교육 담당부서인 학교정책총괄과는 신설되는 교육자치지원국으로 이관했다. 또 종전의 학술연구지원국을 고등교육지원국으로, 교육환경개선국을 교육자치지원국으로 바꿨다.
