교과부가 내부형 교장 공모 2개 학교에 대해 최종후보자의 임용제청을 거부했다. 공모과정에 있어 서울 영림중과 강원 호반초의 경우는 해당 학교에서 심사과정에 불공정이 있었고, 교육청이 지침을 위반했다는 이유이다. 하지만 공정성 논란이 야기된 서울 상원초와 경기 상탄초에 대해서는 임용제청을 했다. 2:2 결론에 대해 교과부가 정치적 판단을 했다는 비판과 함께 일각에서는 임용제청 거부에 대한 법적 투쟁까지 예고하고 있다.

금번 시비와 논란은 노무현 정권이 내부형 교장공모제도를 일방적으로 졸속 강행하면서부터 예상된 결과로, 동 제도가 갖고 있는 치명적 약점에 기인한 것이다. 공모학교 지정과 심사운영 과정에서 학연 및 지연 등에 따라 자기편 심기, 편 가르기가 심각하게 발생해 학교가 정치장화 될 것이라는 우려와 지적을 묵살해왔기 때문이다.

2007년 9월 교총이 시범학교를 전수조사 한 실태 역시 편 가르기로 학교의 공동체 의식이 소멸되었음을 알 수 있고, 이와 관련된 학교구성원들의 인터뷰가 지역 언론에 여러 번 제기 된 바 있다. 지금도 역시 마찬가지다. 심사에 참여한 학부모도 네 편, 내 편식으로 분리되고 있는가 하면, 교육감의 성향과 코드에 따라 지역교육청에서 학교의 심사 결정을 무시해 학부모들이 탄원서를 제기하는 지경까지 왔다. 상황을 바라보는 인식의 차이는 있을 수 있지만 해당 학교가 난장판이 된 문제의 심각성은 결코 부정할 수 없다. 인사제도는 조직의 기강과 운영의 효율성을 동시에 도모하는 중요한 기제인데도 교육 당국은 업적주의에 치우쳐 제도 자체가 갖는 약점을 간과한 것이다.

또한 내부형교장공모제는 우리나라의 교육시스템과 부합하지 못하는 모순이 있는 제도이다. 평준화를 지향하고 학교선택권이 제약되어 있는 우리나라의 교육제도에 있어, 승진형교장 학교와는 달리 공모교장이 학교를 본인의 소신대로 학교를 변화시키는 데 있어 필요한 학교자치의 자율권이 제약되어 있는 상황에서 학교경쟁을 통해 공모 학교를 혁신하는 데는 한계가 있을 수밖에 없다. 게다가 교장자격증을 전제하지 않고 있어 교직의 전문성에 대한 시비까지 불러일으키고 있어 우리나라의 교육구조상에서 학교발전을 도모하는 인사 제도로서의 시너지를 발휘할 수 있는 제도가 아니다. 도입 5년을 맞는 내부형교장공모제에 대한 재검토는 선택이 아닌 필수다.