국감이 시작되자마자 증인 출석과 관련된 교과위 의원들의 질타가 쏟아졌다.

정두언(한나라당) 의원은 병원 입원을 이유로 증인 불출석 통보한 이용곤 서일대 전 이사장의  병원을 방문한 동영상을 국감장에서 상영해 눈길을 끌었다. 정 의원은 “증인이 아프다고 해서 병원에 가 봤는데 문은 잠겨 있고, 증인이 나타나지 않아 연락할 수가 없었다”며 “아프지도 않은 사람이 아프다며 국감장에 출석하지 않았는데 이해할 수가 없다”고 말했다.

곽노현 서울시교육감의 증인 출석에 대한 질의가 나오자 변재일 위원장은 “곽 교육감이 구속 중인데 검찰 협조를 받으면 증인출석이 가능하다”며 “검찰에서 증인출석을 허용하면 안 나올 이유가 없으므로 곽 교육감이 출석할 수 있도록 협의하겠다”고 밝혔다.

IAEA 국제회의 참석을 이유로 국정감사에 출석하지 못한 김창경 2차관에 대해서도 질타가 이어졌다.

안민석(민주당) 의원은 “김 차관이 의원실로 찾아와 협조를 구했지만 허락한 적이 없다”며 “방문한 것이 허락은 아니므로 20일 국감에는 참석할 수 있도록 당장 귀국시키라”고 요구했다. 같은 당 김영진 의원 역시 "요즘처럼 민감한 때 2차관이 해외 출장을 갈 수 있나. 차관이 반드시 가야 할 이유가 무엇이냐"며 "2차관은 국제과학비즈니스벨트 유치를 부당하게 추진한 장본인이다. 당당히 국감에 나와서 소명자료를 제출하고 국감을 받아야 한다"고 촉구했다. 

가족회의를 사유로 불출석한 대학구조개혁위원회 홍승용 위원장도 논란거리가 됐다.

변 위원장은 "교과위 국정감사에 필요 증인들이 합당하지 않은 이유로 불출석하는 경우가 너무 많다"며 교과부 태도에 불만을 드러내면서 "이 문제는 여야 간사 간에 합의해 처리하겠다"고 말했다.

최근 재정지원 제한 대학 43개의 명단이 공개된 것과 관련해 자유선진당 이상민 의원, 민주당 안민석 의원 등은 346개 평가참여 대학의 점수를 일괄 공개할 것을 요구하며 교과부측과 신경전을 벌였다.

이주호 장관은 "최종 점수를 모두 공개할 경우 346개 대학을 한 줄로 세우는 서열화가 될 수 있다"며 "그동안 평가에서 세부 점수를 공개한 적은 없다"며 공개 불가의사를 밝혔다. 이 장관은 또 역사교과서 집필기준 연구진 명단 공개를 요구하는 일부 의원에게 "집필기준의 공정성을 훼손할 수 있으므로 연구작업이 끝난 후 명단을 공개하겠다"고 답했다.