교육감을 시·도지사가 임명하고 지방교육예산을 지방일반예산에 통합시키며, 지방교육과 관련한 주요 의사결정을 지방의회에 수행하는 등 교육자치를 일반 지방자치에 예속시키려는 정부방침에 일선 교육계가 크게 반발하고 있다.

전국의 학교 운영위원과 교육위원 1만1천5백명은 최근 정부의 교육자치법 졸속개정을 반대하는 서명 결의문을 청와대와 각 정당 및 국회, 정부 관계부처 등에 제출했다. 학교 운영위원들과 교육위원들은 결의문을 통해 교육자치의 존폐가 걸린 문제의 심각성을 직시하고 이의 철회를 주장한다고 밝혔다.

이들은 98년 6월 정부가 개정한 지방교육자치법에 의해 학운위와 교원대표가 교육감과 교육위원을 선출하는 현행 제도는 존중되고 보장되어야 한다고 지적했다. 특히 시·도 지사가 교육감을 임명토록 하려는 정부 발상은 헌법이 보장한 교육의 정치중립성을 정면 부정하는 위헌적 발상이라고 주장했다. 또 현재의 제한된 의결·심의기구인 교육위원회를 합의제 집행기구화나 시·도의회의 분과위 수준으로 격하시키려는 발상은 지방자치제 폐지선언과 다름없다고 지적하고 이의 철회를 촉구했다.

학운위원과 교육위원들은 이밖에 年 6조2천억 규모의 교육세를 폐지하려는 정부의 발상은 교육 멸시적 발상이라고 지적, 오히려 대선공약에서 제시한 교육재정 GNP 6%확보를 촉구했다. 이들은 정치권이 충분한 시간을 갖고 공론화 과정을 거쳐 합리적이고 항구적인 대안을 제시해 줄 것을 요망했다.