나이스 혼선이 교육부 국정감사에서도 쟁점으로 떠올랐다. 의원들은 나이스 표류와 임박한 대입시에서의 혼란을 우려하며, 나이스외 별다른 대안이 없는 만큼 교육부가 주도적으로 문제를 해결해 나가라고 주문했다.

윤경식 의원(한나라당)은 자료를 통해 "수시 모집과 교원들 봉급정산이 맞물린 지난 16일 경기지역에서 나이스 시스템이 불통돼 교사들이 새벽 1시까지 업무처리를 하거나 수업을 빼먹기도 했다"며 "서버용량의 대폭 확대와 전반적인 시스템 점검으로 대학정시모집에 대비해야 할 것"이라고 주장했다. 그는 "전교조가 인증서 갱신반대운동을 지속적으로 벌여 대학입시 전형에 큰 혼란이 발생할 가능성이 충분히 예상된다"고 지적하며 "교육부가 적절한 대책을 세워야 할 것"이라고 했다.

전교조는 지난 20일 투쟁속보를 통해 '허수아비 정보화위원회를 공대위가 견인한다'고 주장하며 인증갱신운동을 지속적으로 펼칠 것임을 밝힌 바 있다. 교육부의 발표에 의하면 지난 7일 현재 인증서 갱신율은 70.2%였다.

현승일 의원은 정보화위원회는 결코 면책용이 될 수 없다며 부총리의 역할을 강조했다. 그는 "어려운 문제는 위원회에 넘기는 등 위원회가 민주를 가장한 책임회피용이 되는 경우가 많다"면서 "만약 정보화위원회가 결론을 내지 못할 경우 어떻게 하겠느냐"고 부총리를 채근했다.

김정숙 의원은 "부총리의 갈팡질팡하는 언행으로 교육계 갈등만 증폭시키고, 취임 후 4개월간 나이스 문제에만 매달렸지만 어떠한 해결책도 찾지 못하고 총리실로 넘어갔다"며 나이스 혼선과 관련한 부총리의 잘못을 꼬집었다.

의원들은 나이스외 현실적인 대안이 없는 만큼, 나이스 정착에 힘쓰라고 교육부에 요구해다. 윤경식 의원은 "정보화에 대한 맹목적인 믿음만큼이나 두려움도 주의해야 할 대상"이라며 "정보화에 대한 믿음을 높임과 동시에 개인정보 등 인권침해에 대한 보안기술과 윤리를 강화해 나이스의 장점을 살리는 방향으로 교육부가 이끌어 나가야 할 것"이라고 제안했다.

현승일 의원은 "나이스 외 대안이 없지 않느냐"며 "나이스의 필요성과 문제성을 투명하게 분석해서 법률적으로 판단해야 할 것"이라고 말했다.