최근 정부의 지방자치의 본질 추구, 교육재정운영의 효율화, 그리고 공교육의 정상화라는 논리로 교육자치와 일반자치를 통합하려 하고 있는 일련의 계획들에 대하여 깊은 우려를 표하지 않을 수 없다. 교육자치와 일반자치의 통합 모형의 핵심 골자는 크게 시·도지사가 교육감을 부지사·부시장급으로 임명, 교육위원회를 폐지하여 지방의회로 일원화, 교육재정을 일반회계에 편입하는 것이다. 그러나 정권이 바뀔때마다 교육자치와 일반자치를 통합하려는 시도에 대해 다음과 같은 몇가지 논리에서 그 부당성을 지적하고자 한다. 첫째, 헌법정신에 위배된다. 우리 헌법 제31조 4항에는 교육의 자주성, 전문성, 정치적 중립성 보장을 명시하고 있다. 따라서 정부의 교육자치제 폐지 발상은 헌법정신에 위배되는 것이며, 이를 폐지하려면 이 헌법 조항의 개정이 선행되어야 한다. 왜냐하면 시·도지사는 정당의 추천을 받을 수 있으며, 정당인에 대한 자격제한이 없기 때문에 정치적 중립성이 침해될 수 있으며, 정치적 영향에 의하여 교육적 식견이 적은 사람이 교육책임자로 임명되었을 경우 교육의 전문성이 말살되어 교육의 국제 경쟁력이 급속히 쇠퇴할 개연성을 내포하고 있다. 따라서 교육자치 행정은 교육위원회의 지방의회에 대한 예속성을 벗어나, 일반 행정으로부터 분리·독립 운영되어야 한다. 오히려 차제에 주민 직선제를 도입하여 주민통제의 원리를 직접구현 할 수 있도록 개정되는 것이 바람직할 것이다. 교육자치를 일반자치에 통합해야 지방자치의 본질이 추구된다는 논리는 옳지 않다. 급변하는 국제환경을 감안할 때 교육자치와 지방자치를 통합하여 조직의 비대화를 꾀하는 것 보다 오히려 헌법정신을 더욱 살려서 현재 조례제정권과 교육예산의 최종의결권이 없는 교육위원회에 그 권한을 주어 독립형 의결기관화하고, 일반행정과 교육행정을 완전 분리·독립 운영하여 조직의 탄력성과 효율성을 높여 나가는 것이 바람직하다. 둘째, 교육투자에 대한 우선 순위가 줄어들어서 교육의 질적 저하가 우려된다. 일반자치단체의 재정자립도는 취약하다. 따라서 일반자치단체와 교육자치가 통합되었을 경우 교육행정이 지방자치단체의 선거에 흔들리게 되어 정치에 예속화되고, 그 결과 장기적 효과를 기대해야 하는 교육투자보다는 단기적·가시적 효과가 높은 사업에 예산을 우선적으로 투자할 가능성이 높다. 이는 결국 교육의 질적 저하로 이어질 것으로 예상된다. 시·도지사의 교육적 신념과 철학의 차이에 따라 지역간 교육투자의 불평등 또한 무시할 수 없는 요소다. 결국 정부의 교육자치제 폐지는 교육재정 투자에 대한 중앙정부의 책임을 지방자치단체에 부담지우려는 정책의 단견이다. 하버드 대학의 조셉나이 교수가 지적했듯이 21세기의 국가경쟁력의 요소는 사람의 수나 군사력 등과 같은 하드웨어보다는 교육의 힘, 과학기술과 같은 소프트웨어가 중요한 시대이다. 따라서 교육자치제를 더욱 강화하고 중앙정부에서 교육재정을 더욱더 투자증대해 나가야만 교육재정의 효율화와 공교육 정상화를 꾀할 수 있다. 지금 교육계가 정년단축, 학교붕괴, 교권실추, 연금불안 등으로 교원의 사기가 저하되어 있는 시점에서 교육자치제 폐지문제가 거론된다는 것 자체가 정책의 적시성 원리에도 부합되지 않는다. 셋째, 교육정책 문제가 경제와 행정부처 중심으로 경제논리에 의하여 다루어지는 것은 바람직하지 않다. 물론 교육도 국민의 혈세에 의하여 이루어는 만큼 예산관련 부처와 머리를 맞대고 의논되어야 하므로 예산이나 행정부처의 관여는 당연하다. 그러나 교육문제는 교육의 논리로 풀어야 하고. 교육담당 부처가 중심이 되어 풀어나가야 한다. 그러한 원칙이 무너지면 교육정책은 혼란에 빠지게 되어 발전이 뒷걸음질칠 수밖에 없다. 미국을 비롯한 대부분의 선진국이 교육청과 독립된 교육위원회를 갖고 교육의 자주성과 전문성, 교육행정의 특수성을 인정하고 있음을 타산지석으로 삼아 교육자치가 흔들림 없이 발전되기를 기대한다.