출근 시간은 정식 관리들과 똑같았는데, 봄～가을과 겨울의 출근 시간이 달랐다. 해가 긴 봄부터 가을까지는 오전 5시에서 7시 사이에 출근했으며, 퇴근은 오후 5시에서 7시 사이에 했다. 오늘날의 시각으로는 대략 오전 6시에 출근하여 오후 6시에 퇴근했으니까, 12시간 정도 근무한 셈이다. 해가 짧은 겨울에는 오전 7시에서 9시 사이에 출근했고, 오후 3시에서 5시 사이에 퇴근했다. 그러나 밤새 왕을 비롯한 왕족들의 건강을 돌보기 위해서 돌아가면서 숙직을 해야만 했다.

내의원의 시설은 ‘내의원 식례’에 나와 있는데, 중심 건물인 대청을 비롯하여 침의청과 서원방, 의녀방 등 각 직책에 따른 건물이 있었고 약재 창고와 도서관이 있었다. 내의원 의원들은 임금이 일어나면서부터 잘 때까지 건강 상태를 하나하나 관찰하여 ‘내전일기’에 기록하였다. 심지어 임금의 대변도 중요한 관찰 항목이다. 그들은 대변의 색깔에서, 대변의 농도, 심지어 대변의 맛까지도 보면서 임금의 건강을 관찰하였다.

임금을 진찰할 때는 내의원의 최고직인 도제조와 어의 세 명이 함께 진맥을 하였다. 진맥 후에는 약물에 밝은 의원과 함께 임금의 건강에 대해 의견을 나누고, 그 결과에 따라 보약이나 약을 짓고, 심지어 음식까지도 감독하였다. 그러므로 내의원은 조선시대 최고의 의료 시설이면서 임금과 그 가족의 건강을 관리하는 전문가들의 집합체였다.

전의감이나 내의원에 소속된 의원들은 대부분이 남자였다. 그런데 조선시대는 남녀의 구별이 엄격했기에 여자를 진맥(아픈 사람의 맥을 짚어 보아 병을 알아 냄)할 때 환자의 팔목에 헝겊을 걸친다든지, 가는 실로 묶어 맥의 진동을 느끼는 등의 불합리성으로 인하여 병을 제대로 알아내기가 어려웠다.

더욱이 여자가 환자일 경우, 남자 의원이 피부를 만지고 치료하는 것을 수치로 여겨 치료를 받지 않고 죽는 사례까지 나타나자, 태종 때에는 창고궁사에 소속된 계집 아이 수십 명을 뽑아 침술과 진맥법 등을 가르쳐 제생원에서 일하도록 했다. 그러나 이들 의녀들은 남자의사들로부터 배워야 했으므로 전통적으로 남녀의 자유로운 대화나 접근이 불가능했던 당시의 윤리관에 어긋나는 점이 많아 중인 출신이 아닌 하층민을 뽑아 교육을 시켰다.

세종 때에는 지방에도 여자 의사를 두었으며, 그 뒤로도 계속 의녀들의 필요성이 증가함에 따라 역대 왕들은 그들을 더욱 많이 기르도록 하였다. 연산군 이후에는 경찰관의 임무를 부여받아 임금에게 반역을 저지르는 사람들을 잡는다든지, 호화 혼수품을 단속하는 다모가 되기도 하였다. 이러한 임무가 여자 경찰에게 주어지면서 의녀는 본연의 임무로 돌아오는 듯 하였으나, 다모들에게 기생의 임무가 주어져 노래와 춤을 익혀야 했다. 그래서 약방 기생이니 하는 말처럼 의녀를 기생으로 부르기도 했던 것이다. 이렇게 의녀가 기생의 임무하게 되어 개화기에 근대식 병원이 들어설 때 여자 의사와 간호사를 구하는 데 많은 어려움이 있었다고 한다.