시도 교육청에서 추천한 22개교를 대상으로 학교운영 계획서, 교육과정 및 입학전형계획 등을 엄격히 심사해 이들 학교를 최종 선정했다. 심사에서는 교육여건이 열악한 학교, 신설교 등에 우선순위를 뒀으며 교육과정 등에서 혁신 의지가 있는 학교, 구성원의 의지가 높은 학교에 좋은 점수를 줬다고 교과부는 설명했다.
자율형 공립고로 지정되면 연간 수업시수의 35% 범위 내에서 국민공통 기본교과를 증감할 수 있으며 선택중심 교과는 학교 자율로 편성할 수 있다. 또 학년을 통합한 무학년제를 운영할 수 있고 교장은 공모제로 임용한다. 교과부는 교육과정 개발비, 교원연수비 등으로 학교당 연간 2억원을 지원할 예정이다.
학생 선발은 광역단위 모집, 후기 선발을 원칙으로 하고 평준화 지역에서는 선지원 후추첨, 비평준화지역에서는 학교 자율로 선발하되 학교별 필기고사는 금지된다. 이들 학교는 교육과정 개발, 교원연수 등 준비과정을 거쳐 올 하반기 신입생을 선발한 뒤 내년 3월부터 자율형 공립고로 운영한다.
14개교가 새로 지정됨에 따라 전국에 있는 자율형 공립고는 총 58개교로 늘었으며 교과부는 2012년까지 지정학교 수를 100개교로 확대할 계획이다.