정부가 지난해부터 의욕적으로 추진하고 있는 사이버대학 중 절반이 정원의 40%도 채우지 못하고 있으며 일부 대학은 자본 잠식 상태까지 이르는 등 운영이 매우 부실한 것으로 드러났다.
국회 교육위 설훈 의원이 교육부가 제출한 자료를 분석한 결과에 따르면 지난 2001년 최초로 신설된 9개 사이버대학(4년제 대학 7곳, 전문대 2곳)의 학생 등록률은 모집정원 6220명에 5241명으로 84.3%의 비교적 높은 비율을 보였지만 이 가운데 2학기에 재등록한 학생은 4106명으로 최초 등록인원의 78.3%에 불과했으며, 계속해서 2학년에는 3436명으로 최초 등록인원의 65.6% 밖에 등록하지 않아 3명 중 1명이 등록을 포기한 것으로 나타났다.
2002년 신설된 6개 대학 중 모집정원을 다 채운 대학은 1개에 불과하고 대부분의 대학의 학생 모집 비율은 60%에도 못 미쳤다.
교원 부족 현상도 여전해 각 대학이 교육부에 '2002년 학생정원 증원'을 요구하면서, 전임교원과 겸임교원 그리고 시간강사와 조교 충원을 약속했고 교육부는 9개 대학이 요구한 6680명을 증원했지만 약속이지켜지지 않았다. 보유 컨텐츠도 부실해 전자도서를 1000권 이상 보유하고 있는 대학은 15개 사이버대 가운데 단 2곳에 불과했다. 또한 오프라인 도서관 활용조차 불가능한 대학이 3곳이나 됐다.