국민의 정부 대표적인 고등교육 개혁 정책은 '두뇌한국 21'(BK21), 학부제, 대학설립준칙주의, 대학구조조정, 지방대학 육성책 등을 들 수 있다. 이런 정책들은 BK21사업을 제외하고는 대개 문민정부의 연장선에서 개혁의 강도를 높이고 보완하는 차원에서 진행되었다.

국민의 정부 고등교육정책에 대한 전문가들의 평가는 "정책 입안 초기의 고유 목적이 다 초점으로 변하면서 흐지부지하게 됐다"는 것으로 정리된다. 정영수 교수(충북대)는 "동시다발적으로 개혁이 추진되면서 대학에 부담을 가중시켰다"는 점도 지적했다.

이런 만병통치약식 개혁의 대표 사례로 BK21을 들 수 있다. 사업초기부터 '나눠 먹기식',' 특정대학 편중' 등의 비판을 받아온 BK21의 핵심 목표는 세계 수준의 대학원 육성을 통해 대학의 연구 역량을 획기적으로 증진하고, 지역산업과 연계해 지역대학을 특성화함으로 써 우수 인력 양성체제를 구축하는 것이었다.

그러나 이후 학사과정 정원 감축, 대학원 문호 개방, SCI논문게재 의무화, 대입제도 전환 등 문어발식으로 영역이 확장됨으로써 본래의 목적이 희석됐다는 지적이다.

매년 2000억원 씩 7년간 모두 1조 4천억원을 투자키로 한 이 사업의 중간평가 결과는 엇갈린다. SCI(국제과학논문인용색인) 발표 논문수가 서울대 물리학과 교수의 경우 2000년 1인당 5.5편에서 지난해에는 6.7편으로 증가했다. 서울대 수리과학분야는 2000년 1.17편인데 이 수치는 UC 버클리대 교수의 0.84편을 능가하는 수치이다.

그러나 영남대 최순돈 교수는 BK21 사업 시행 1년이 지난 시점에서 "국제학술지 게재논문 편수 증가를 제외하고는 우수 인력양성을 위한 직접적인 성과는 거의 없었다"고 평가했다.

설훈 의원은 지난 9월 국정감사에서 "BK21사업에 참여하고 있는 17개 대학 가운데 상당수의 대학이 전임교수를 한 명도 뽑지 않은 반면, 13개 대학은 석·박사 학생을 97년 이래 3184명이나 늘렸다"며 대학의 연구여건이 개선되지 않았다고 주장했다.

무엇보다 가장 전폭적인 지원을 받은 서울대 석·박사과정 대량 미달 사태(2001년도 30% 미달)는, 세계적 수준의 대학원 육성이라는 BK21 원래의 취지를 빛 바래게 하고 있다. 2001년도 서울대는 교육부로부터 1135억원의 연구비를 지원 받았다. 이 금액은 387개 대학을 대상으로 지급한 8220억원의 14%에 달하는 수치다.

학부제는 모집단위 광역화와 함께 열린 대학체제의 기반구축사업의 하나로 진행돼 왔다. '학과 중심의 전공운영제도가 급변하는 지식사회기반에 적합치 않다'는 세계적인 조류에 맞춰, 문민정부 시절부터 권장돼 온 학부제는 국민의 정부에 들어오면서 차별적인 행·정 지원과 연계되면서 획일적으로 강요돼 왔다.

한 대학 총장의 조사에 전국 대학 인문계의 74%, 사회계열 85%, 자연계 91%가 학부제를 실시하고 있는 것으로 나타났다.

학부제에 대해서 유현숙 박사가 서울시내 교수와 학생들을 대상을 설문 조사한 결과에 의하면 "전공선택권이 확대되고, 강의 부담이 줄었다"는 긍정적인 평가가 있는 반면, "학부제의 근본 취지인 학문과 교수 교류가 별로 이뤄지지 않고 있고, 형식적인 학과 통합으로 이전의 학과중심 운영과 별 차이가 없으며, 학생들의 전공 실력이 저하됐다"는 평가를 하고 있다.

전국 국·공립대총장협의회(회장 정석종 전남대총장)는 지난 10월 18일 전주 리베라호텔에서 열린 회의에서 "정원을 채우지 못하는 지방대학들이 속출하고, 신입생 충원율이 70%가 되지 못하는 대학들이 30곳을 넘는 상황"이라며 "정부의 재정 지원 및 제도 보완이 절실하다"고 촉구했다.

총장들의 이런 주장들은, 국민의 정부가 추진한 지방대학육성책의 현 주소와, 대학설립준칙주의 결과를 한꺼번에 보여주는 사례이다. 총장들은 "지난 몇 년간 등록금은 동결되고 공공요금은 인상됐다"며, "정부가 공공요금을 전폭적으로 지원해 줄 것"을 요청했다.

대학설립인가제에서 누구나 설립기준만 갖추면 대학을 설립할 수 있는 대학설립준칙주의로 1996년 전환됨에 따라 대학수는 급속도로 증가했고, 대학의 신입생 확보 경쟁도 치열해졌다. 1995년에 고등교육기관수는 708개교에 학생수 188만명이었지만, 2002년 현재 1278개교에 302만명으로 폭증했다.

게다가 1997년을 정점으로 고교 졸업생수가 감소하다가 2003학년도에는 대학정원이 응시자수를 초과할 것으로 전망돼, 지방 사립대의 위기는 가중되고 있다. 김대중 정부는 지방대학육성책으로 지역우수대학 육성과 지역거점대학 육성, 지방대학육성을 위한 특별법 제정 계획을 수립했으나, 특별법은 제정되지 못했다.

정부는 우수인재의 수도권대학으로의 집중을 방지하고, 권역별 인근대학 중심으로 진학을 유도한다는 당찬 목표를 세웠지만, 지방대학의 신입생 미달 현상은 오히려 심화되고 있다. 대학의 구조조정은 정부의 공공부분 구조조정 정책의 하나로 기획예산처 주도로 조직 축소에 중점을 두고 출발했다.

국립대학발전계획에 제시된 구조조정내용으로는, 인접 교대와 사대 통합, 대학 의사결정구조(대학총장선출방법, 대학평의원회 설치) 개선, 국립대학특별회계제도 도입 등의 주요 내용들을 담고 있었지만, 가시적인 성과는 보지 못하고 있다.

이외에도 국민의 정부는 대학평가에 따른 재정 지원 차등화, 부교수 이상 정년 보장 실시, 교수계약임용제와 연봉제 시도, 사이버대학 육성, 대학입시제도에서 학생부 도입과 복수지원 기회 부여, 국영수 필답고사 폐지 등을 주도했고, 대학 편·입학 기회를 넓혔다.