2004년부터 새롭게 추진되는 '사이버가정학습체제 구축사업'이 예산투자의 중복성이 있다는 지적이 제기됐다.

사이버가정교사 사업은 인터넷을 통해 초·중등학생에게 무료 사이버가정학습을 지원함으로써 학교교육을 보완하고 사교육비 절감을 목표로 2008년까지 총 사업비 46억9000만원을 투자할 계획이다. 2004년도에는 시범서비스 구축단계로 총 21억5200만원의 예산으로 맞춤형·수준별 컨텐츠개발비(15억4000만원), 사이버 가정학습관리시스템개발비(5억5200만원), 사이버가정교사 운영 인건비(6000만원) 등을 2개 시범 시·도교육청에 지원할 계획이다. 교육부는 이 사업이 계획대로 추진될 경우 향후 5년간 약 3조8000억원 정도의 사교육비 절감효과가 나타날 것으로 기대하고 있다.

하지만 국회교육위 수석전문위원실은 "이 사업이 이미 2001년도부터 에듀넷서비스의 하나로 한국교육학술정보원에서 운영하고 있는 사이버선생님 운영 사업과 중복성이 있다"고 지적했다. 두 사업이 추진내용과 사업대상이 각각 다르지만 근본적으로 공교육 보완을 통한 사교육비 절감을 사업목표로 하고 있다는 점에서 공통점을 가지고 있다는 것이다.

이에 따라 장기적 관점에서 볼 때 신규사업이 정착하는 단계에 가서는 한국교육학술정보원에서 운영하고 있는 사이버선생님 운영사업은 신규사업으로 통합해 사이버가정학습 체제 구축사업을 보다 체계적이고 전문적인 사업으로 확대·발전시켜나갈 필요성이 있을 것으로 지적됐다.