전교조가 "직권을 남용해 나이스 입력을 강요했다"며 윤덕홍 부총리와 11개 교육감을 상대로 한 13개 고발 건 모두에 대해, 검찰이 줄줄이 무혐의·각하(却下) 처분을 내려 사건을 종결한 것으로 밝혀졌다. 검찰의 이번 결정은 '학생정보 CD 제공은 인권침해'라는, 지난 24일 전교조가 윤 부총리를 대상으로 한 고발과 'CD 일괄제공 가처분 소송' 판결에도 영향을 미칠 것으로 보인다.

검찰은 전교조 위원장등 3명이 6월 2일 '법적 근거 없이 나이스를 강행하고, 직권을 남용하고 강요했다'며 윤덕홍 부총리등 4명을 고발한 것에 대해 9월 30일 '검토가치가 없다'는 의미의 각하처분을 내렸다.

검찰은 또 같은 내용의 11개 교육감을 대상으로 한 전교조의 고발에 대해서도 연달아 각하나 무혐의 처분을 내렸다. 부산(8월 27일)·광주(9월 9일)·울산(9월 29일)·경기(9월 23일) ·전남도교육감(9월 9일)에 대해서는 무혐의 처분을, 서울(9월 30일)·인천·대전(9월 23일)·울산(9월 29일)·강원(8월 22일)·전북(9월 24일)·경북(7월 25일)교육감에 대해서는 각하 처분을 내렸다.

광주시 전교조 지부장 등 3명은 지난 6월 13일 "NEIS는 인권을 침해할 소지가 있고, 학생과 학부모의 개인정보를 수집할 법률상 근거가 없음에도 불구하고, 김원본 교육감과 서광수 부교육감은 학교에 공문을 발송, NEIS를 시행케 해 나이스 운영자들로 하여금 의무 없는 일을 하게 했고, 27개 영역에 해당하는 학생 정보를 나이스 프로그램에 입력케 하는 등 학생들의 개인정보를 누설케 했다"며 검찰에 고발했다.

이에 대해 검찰은 10월 20일 "고발인들의 주장만으로는 피의자들이 직권을 남용해 학생과 학부모의 정보를 입력·개인정보를 누설케 했다는 자료로 삼기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 뚜렷한 자료가 없다"며 무협의 처분을 내렸다. 검찰은 또 "이번 고발은 사실 오인 및 법리 오해에 의한 것으로 고발인들의 무고혐의를 인정하기 어렵다"는 판단을 덧붙였다.

다른 시·도교육감들을 대상으로 한 전교조 지부의 고발 내용과 검찰의 결정도 광주시의 경우와 유사하다.