한국교총은 제4기 교육위원 선거일인 11일 논평을 통해 "이번 선거를 계기로 교육위원·교육감 선거방식을 주민통제라는 교육자치의 본래 취지를 살리고 부작용과 혼탁을 최소화할 수 있도록 주민직선의 방식으로 바꾸는 논의를 본격적으로 시작하자"고 제안했다.

교총은 현행 선거방식의 문제점으로 △교육위원 선거인이 학운위원으로 제한돼 잠재적 학부모를 비롯한 일반 주민들이 전적으로 배제되는 등 주민 대표성에 한계가 있고 △유치원이 학운위에 포함되지 않아 유아교육정책을 대변할 수 있는 권리 자체가 원천적으로 봉쇄돼 있으며 △학운위원에 의한 교육위원·교육감 선거는 교육현장의 파행을 초래하는 부작용의 양산을 초래하고 있다고 지적했다.

교총은 특히 "단위학교에 학교운영위원회를 두는 목적은 학교운영에의 민주적 참여를 보장하는 것이었으나 투표권을 갖게 되면서 자기 사람 심기 등 학교를 정치장으로 만들고 학교운영 보다는 선거에 유리한 수단으로 이용하는 본말전도 현상이 일어나고 있다"고 말했다.

교총은 교육위원·교육감 선거를 주민직선으로 하면 △주민의 교육요구에 더욱 부응하게 되고 △시·도의원 및 시·도지사 선거와 병행해 교육위원·교육감 선거를 실시할 경우 지역주민들에게 교육자치와 일반자치를 대등하게 인식할 수 있게 하고 △지방교육에 대한 관심과 지원 의욕을 높여 지방교육재원을 확충하는데도 도움이 될 것이라고 내다봤다.