한나라당은 13일 NEIS 문제로 학교가 혼란에 빠져 있는 것과 관련 성명을 통해 "수개월에 걸쳐 야심차게 추진돼 온 정부정책이 특정 이익단체가 반대한다는 이유로 인권위까지 개입해 순식간에 뒤집어질 수 있는 것인지 참으로 이해할 수 없다"고 말했다.

한나라당은 "이미 전국 초중고 97%가 NEIS로 업무처리를 하고 있는 현실을 고려할 때 당장 내달 시작될 수시모집과 중간고사 성적처리 등 학사에 있어 대혼란이 야기될 가능성이 크다"면서 "그 피해가 고스란히 학생과 학부모들에게 돌아갈텐데 정작 그것이야말로 인권침해가 아닌지 회의감이 들지 않을 수 없다"고 말했다.

이어 한나라당은 "정부는 종합적으로 여러 가지 상황을 감안하고 각계각층의 의견을 수렴해 인권위의 결정 수용여부를 가급적 조속히 판단해 혼란을 최소화하라"고 말했다.