정부가 '조세형평'원칙을 내세우며 대학교원연구보조비 비과세 혜택을 폐지키로 하자, 교총은 '연구의욕 저하로 대학교육의 질을 저하시킬 우려가 있다'며 이를 존속시켜줄 것을 요구하는 건의서를 청와대와 재정경제부, 교육부, 기획예산처 등에 최근 냈다. 교육부는 비과세 혜택 유지에 적극적인 반면 재경부는 반대 입장을 고수하고 있다.

재경부는 지난 5월 1일 대학교수와 정부출연연구기관이 받아오던 연구보조(활동)비 비과세 혜택을 2007년까지 완전 폐지한다는 고시안(표)을 발표했다. 재경부의 이런 방침은 '소득 있는 곳에 과세한다'는 조세형평의 원리에 입각한 것으로, 91년(45%)부터 해마다 비과세의 비율을 축소해, 올해는 20%로까지 축소됐다. 그러나 초·중·고 교사들이 받는 연구보조비(월 20만원 한도)에 대한 비과세 혜택은 현행대로 유지된다.

교총은 급여의 20%에 해당하는 연구보조비 비과세 혜택이 폐지될 경우 실질 급여가 5∼6% 정도 삭감되는 효과(연봉 4000만원의 경우 140∼150만원 감소)가 초래돼 연구자의 사기가 저화될 수 있다고 우려하고 있다. 게다가 급여 중 일부는 연구에 필요한 자료수집 및 학술지·서적 구입에 사용된다는 점을 감안하면 연구활동 위축은 당연하다는 것이다.

교총은 이와 함께 비과세 폐지 조치로 대학이 교수의 급여를 보전하기 위해 급여를 인상할 경우 대학의 재정압박을 초래할 수 있다고 주장하고있다. 특히 대학운영수익의 2/3이상이 학생등록금에 의존한다는 점을 감안하면 교수의 급여 상승은 정부의 재정지원이 동반되지 않는 한 대학등록금 인상으로 학부모의 부담으로 연결된다는 지적이다.

조강봉 교수(동강대)는 "재정 지원으로 연구를 활성화시키지는 못할망정 비과세 혜택마저 폐지한다는 건 옳지 않다"고 말한다.

정부는 90년 이전, 특정근로 소득자에 대한 소득세 감면제도에 따라 연구수당과 연구비를 비과세 대상으로 분류했다. 90년 당시 재무부가 형평과세와 조세체계 확립에 대한 사회적 여론이 높아지자 연구수당과 연구비에 대한 소득세 부과결정을 내렸다가 교수들의 반발로 무산된 바 있다.