교총 교육정책연구소는 개정된 사립학교법을 자체 분석한 결과 △위헌성 소지 조항이 11개 △사학의 자율성을 과도하게 규제하는 조항이 8개 △긍정적인 조항이 12개라고 9일 밝혔다. 이에 따라 사립학교법의 전반적인 재개정이 불가피하다고 주장했다.

교총은 위헌성 소지 조항으로 개방형 이사제, 회의록 작성 및 공개, 임원 인적사항 공개, 감사선임의 제한, 임원의 겸직금지, 임시이사의 선임, 대학평의원회의 성격을 대통령령에 위임, 학교장 임기제 강제, 교원인사위원회에서 교원 임면권 심의, 관할청의 학교장 해임요구, 직계존비속과 배우자의 교장 임명 제한 등을 지적했다.

한편 긍정적인 개정 조항으로는 출연자의 정관 기재, 이사회 구성에 있어 친족비율을 4분의 1로 축소, 임시이사의 해임 구체화, 회계의 예산작성 기능을 학운위 또는 대학평의원회로 이관, 결산 공개 및 감사 전원의 서명 날인 의무화, 신규교원 공개전형 의무화 등을 꼽았다.