학교교육활동을 수행하기 위해 그에 상응하는 경비가 필요함은 재론의 여지가 없다. 현재 우리나라의 각급학교에서는 이러한 경비가 다양한 재원으로 조달·운용되고 있다. 일상경비, 도급경비, 학교운영 지원비, 학교 발전기금, 자치구 교육경비 보조금, 세입세출 외 현금 등이 그것이며, 각각 별도의 회계장부로 관리되고 있다. 이러다 보니 단위학교별로 학교예산 회계제도와 관련해 여러가지 문제가 제기되고 있다. 단위학교별 예산현황을 적기에 파악할 수가 없으며, 복잡한 예산구조로 인하여 자금 집행상의 투명성을 결여하고 있다. 또 예산집행의 번잡성으로 인해 행정능률이 저하되고 있을 뿐만 아니라 빈번히 예산 운영형태가 비효율적이라는 지적을 받아왔다. 보다 근원적인 것은 학교교육 활동을 수행하는데 소요되는 경비가 다양한 재원에 의해 별도로 집행되고 있어서 논리적인 설득력을 결여하고 있다는 사실이다. 말하자면 같은 학교운영비라 할지라도 재원도 다르고 회계에 따라 집행하는 기준 및 형태에 차이가 있는데, 이것이 문제라는 지적이다. 한편으로는 학교에서 운영하고 있는 여러가지 경비 중 일부는 사실상 법적 기반을 확보하지 못한채 운영되어 오고 있는데, 이 점도 시정되어야 할 사항이다. 그 대표적인 사례가 학교운영지원비(육성회비)라 할 수 있다. 이러한 문제점을 개선하기 위해 정부는 공립 초·중·고에 여러개의 자금을 단일회계로 통합하여 관리하기 위한 '학교회계'를 설치하기로 하고, 초·중등교육법 개정안을 올 정기국회에 상정키로 했다. 학교회계의 설치는 학교교육 예산의 효율화는 물론 학교장과 학교운영위원회의 기능강화를 위해서 바람직한 방향이라 하겠다. 보다 궁극적으로는 학교교육비의 자금별 운영에서 오는 경직성을 축소하고 자율적인 인상·운영을 가능케 함으로써 학교의 자율역량을 한층 제고시키게 될 것이다. 이러한 제도 운영이 정착된다면 우리가 기대하는 학교자치의 구현도 그만큼 빨라질 것이다. 그러나 이를 위해서는 학교운영위원의 학교예산 심의를 위한 보다 전문가적 소양의 배양과 함께 한층 성숙된 예산심의의 형태가 뒤따라야 하리라고 본다.