실질적으로 정부가 규제하고 있는 학원수강료를 시장 원리에 맡기는 방안을 두고, 정부 부처간에 논란이 일고 있다. 수강료가 자율화 될 경우, 개별 학원의 교육서비스와 강사 수준, 시설 정도에 따라 학원 수강료가 달라질 수 있다.

교육부 관계자는 최근 "서비스 산업 육성 차원에서 재경부가 학원 수강료를 자율화할 것을 권고해 왔다"고 밝혔다. 교육부는, 기술계 학원등 성인대상 학원의 자율화는 별 문제 없지만 보습학원의 경우 수강료 인상으로 사교육비 부담으로 연결되지 않을까 우려하며 결정을 못하고 있다.

현재 수강료 책정은 법적으로는 학원장 재량이지만, 실제로는 정부가 조정권을 갖고 있다. 정부 물가 담당 부서가 올해의 물가 상승률을 감안해 인상폭(가이드 라인)을 제시하고, 지역교육청의 수강료조정위원회가 2차로 조정권을 행사한다. 이에 따라 교육청과 학원간의 시비도 일고 있다.
지난해 서울의 한 유명학원의 경우, 회계법인에 의뢰한 원가계산서를 내밀며 교육청의 수강료 조정을 거부한 사례도 있다.

교육부측은 "몇 명 안 되는 교육청 담당 직원이 수백 개의 학원을 대상으로 수강료를 단속하기는 사실상 무리"라며 "수강료를 자율화하되, 수강료 인상분만큼 세금을 부과하는 것도 고려할만하다"는 입장이다. 인천시교육청이 15일 발표한 지난해 학원단속 결과를 보면 수강료 초과 징수건은 9건에 불과할 정도로, 단속 결과는 미미한 실정이다.

그러나 수강료 자율화는 재경부 내에서도 찬반이 엇갈리고 있다. 정부에 의한 학원수강료 조정이 시장경제 원리와 공정거래법에 위반된다며 자율화를 주장하는 부서가 있는 반면, 물가 담당 부서는 "수강료 자율화가 물가 인상의 주범이 될 수 있다"며 반대하고 있다.

학원들도 입장이 엇갈려, 경쟁력 있는 대형학원들은 수강료 자율화를 원하지만, 소규모 학원들은 이를 반대하는 것으로 알려지고 있다.