교육인적자원부가 10일 민주당 임종석 의원에게 제출한 국정감사 자료에 따르면 내신성적 불리를 우려한 자퇴생수는 서울과학고(2000년 정원 181명)의 경우 98년 50명,99년 82명, 2000년 79명이었고, 한성과학고(2000년 정원 180명)는 2명, 64명, 58명으로 각각 정원대비 44%, 32% 수준까지 치솟았다.
특히 대구과학고는 자퇴생이 98년 44명에서 2000년 56명으로 120명인 정원대비46.7%에 달했다. 부산과학고(180명)는 98년 27명에서 2000년 53명, 광주과학고는 13명에서 49명, 대전과학고 12명에서 31명, 충북과학고 1명에서 23명 등으로 정원대비 10∼30% 수준이었다.
그러나 충남과학고는 2000년의 경우 61명 중 단 1명이, 경남과학고는 120명중 9명, 제주과학고는 23명중 1명 등에 불과했다. 한편 과학고 졸업생 중 서울대 진학자는 98년 274명에서 99년 126명, 2000년 90명으로 해마다 급감했다. 반면 한국과학기술대 진학자는 98년 61명에서 99년 71명, 2000년 102명으로 갈수록 늘었다. 포항공대 진학자는 82명, 43명, 42명으로 줄고 있었다.