교육부는 반강제적인 보충수업, 자율학습 실시에 따른 민원이 급증하고 있고 일요일에도 등교를 강요하며 심야시간까지 야간 자율학습을 실시하는 학교가 많다는 지적에 따라 정부가 제시한 보충수업·자율학습 기본방침을 준수해 줄 것을 거듭 촉구했다. 반강제적 보충·자율학습 뿐 아니라 특기·적성교육활동시간을 이용해 보충수업과 유사한 국·영·수 위주의 변칙적 보충수업도 엄중 단속하기로 했다. 교육부는 지난달 20일 열린 전국 시·도교육청 장학관회의에서 보충·자율학습에 대한 기본방침을 확고히 준수하되 교육감 책임하에 부적정 운영학교를 색출, 강력조치해 줄 것을 요망했다. 이를위해 교육부는 불시 확인, 점검을 실시할 계획이며 향후 이와관련한 문제가 발생할 경우 시·도평가에 이를 반영하기로 했다. 한편 교육부가 제시하고 있는 보충·자율학습 기본방침은 ▲중학교와 고교 2년까지는 보충수업 금지, 고3은 희망학생, 교과에 한해 학운위 심의를 거쳐 1일 2∼3시간 이내에서 가능 ▲강제적, 학생비용 부담 자율학습은 금지, 단 고3의 경우 학운위 심의를 거쳐 실시할 수 있으나 조조, 심야 자율학습은 금지하는 것이다.