학부제 실시 이후 인기전공(학과)의 학생수와 비인기전공(학과)의 학생수 차이가 수백명에 달하는 등 전공 선택 편중 현상이 심각한 것으로 나타났다. 이 같은 사실은 국회 교육위 설훈의원(민주당·서울도봉을)이 전국 74개 대학(국공립 20개대, 사립 54개대)의 최근 3년간 학부 전공 배정 현황을 분석한 결과 밝혀졌다. 분석결과에 따르면 99년의 경우 모집정원이 310명인 고려대 서양어문학부는 모집정원의 77.1%에 해당하는 239명이 영어영문학전공을 희망해 10명만이 전공을 희망한 노어노문학과와의 편차가 무려 229명에 달했다. 2000년의 경우, 희망전공간 편차가 더욱 커져 고려대 공과대학의 경우 최고 희망전공인 전기전자전파공학부는 337명인 반면 최저 희망전공인 재료금속공학부는 9명 뿐이었다. 심지어 경북대 자연과학자율전공계열의 토목공학과는 희망전공자가 단 한 명도 없다. 이외에도 성균관대 경제학부와 경남대 정보통신공학부가 전공간 편차가 200명이 넘고 있다. 계열별 전공신청 현황 또한 인기학과 편중 현상이 심각하게 드러났다. 인문사회계열의 경우, 전공간 편차가 50명 이상인 학부가 무려 113개로 전체 인문사회계열 학부의 37.4%에 달했다. 공학계열 역시 전공간 편차가 50명 이상인 학부가 총 185개 중 69개(37.1%)에 이른다. 특히, 공학계열은 학부의 규모가 다른 계열보다 커 전공간 편차가 300명 이상인 학부도 있었다. 이와 같은 인기학과 편중 현상은 전공신청자가 한명도 없는 전공을 양산해 2001년의 경우, 상명대 정보과학전공, 명지대 북한학과, 제주대 독일학과, 호서대 대중문학과 철학, 국민대 환경공학전공, 공주대 경제학과, 국민대 언론학 전공(야)이 전공신청자가 없었다. 설 의원은 "학부제에 따른 학문 편식현상이 심각해 일부 전공은 고사위기에 처해 대부분의 대학에서 일부 전공에 학생들이 몰리는 것을 예방하기 위해 전공 배정인원에 제한을 둬 학생들을 선출하고 있다"며 "이는 근본적인 해결책이 되지 못하며 학생 과 교수의 요구를 받아들여 더 근본적인 대책을 모색해야한다"고 주장했다.
