서울시교육청은 학교운영위원을 선거인단으로 하는 현재의 교육감 선거제도는 사실상 간선제에 해당, 지역 주민 전체 의사를 반영하는데 미흡하므로 주민직선제를 도입하는 것이 바람직하다고 밝혔다.

시교육청은 국회에 제출한 국정감사 자료에서 "주민직선제를 도입하되 지방자치단체장과 러닝메이트로 출마하여 선출함으로써 대표성을 강화할 필요가 있다"며 "이렇게 되면 자치단체와의 유대를 강화하고 행·재정상 낭비요인도 크게 줄일 수 있다"고 설명했다.

시교육청은 또 "현행 선거운동은 선거공보, 소견발표회, 언론기관 등의 초청대담·토론회 이외에는 포괄적으로 금지하여 후보자에 대한 정보가 제한됨으로써 불법적인 방법을 통한 선거운동을 조장할 우려가 크다"고 덧붙였다.

시교육청은 그러나 정당 소속의 자치단체장과 러닝메이트로 출마할 경우 교육의 정치적 중립성이 훼손될 수 있다는 주장에 대해서는 별다른 입장을 내놓지 않았다.