2008년 3월 28일, 본교와 건양대학교(총장 김희수)는 양교(兩校)의 교육경쟁력 강화 및 학교 발전을 도모하기 위해 건양대학교 명곡정보관 대강당에서 자매결연 협정식을 가졌다. 이에 따라 본교와 건양대학교는 상호 정보교류 및 지원을 통한 열린 교육 체제로 협력하게 된다.

구체적인 주요 협정 내용은 다음과 같다.

1. 서령고 학생이 건양대학교 입학시 입학생 전원에게 특별교재 장학금을 지급한다.

2. 서령고 교직원이 건양대학교병원을 이용할 경우 의료비 감면은 물론 교육대학원 진학시 수업료 50%를 감면한다.

3. 서령고 교직원 및 학생이 건양대학교의 콘서트홀, 체육관, 수련관 등을 이용할 경우 우선권을 부여한다.

4. 서령고 교직원 및 학생들에게 진학정보 상시 제공 및 입학설명회에 우선 초청한다.

5. 서령고와 건양대학교는 교육정보협의 채널을 구축, 건양대학교 교수특강 및 서령고 학생들의 교육활동과 교사연수를 지원한다.