정권교체기에 일선 일부 사립학교의 교원·사학간 갈등양상이 심각하다. 이와 관련해 최근 사립법인협·사립중고교장협 관계자들은 이상주 부총리를 만나 문제의 심각성을 토로하고 교육부 차원의 대책마련을 촉구했다.

사학관계자들은 법과 제도가 명시한 인사위 기능을 무시하고 교원노조 교사들이 무리한 요구를 하고 있어 혼란이 증폭되고 있다고 주장했다. 특히 재단을 무력화시키기 위해 교내 문제를 적시해 노조 출신 교육위원을 동원, 회계장부를 제출하게 하고 이 서류를 외부에 유출시켜 회계사에게 검토시키게 하며 특별감사를 요청케 하는 등 문제를 증폭시키고 있다고 말했다.

또한 일부학교에서는 학생들을 선동하며 신학기에 학사행정을 전면 거부하겠다는 등 공공연하게 학교당국을 위협하고 있다면서 심각한 우려를 나타냈다.