휴직제도의 목적 및 휴직의 효력
휴직제도의 목적은 공무원이 재직 중 일정한 사유로 직무에 종사할 수 없는 경우에 면직시키지 아니하고 일정 기간 동안 신분을 유지하면서 직무에 종사하지 않아도 되도록 조치하여 공무원의 신분을 보장하기 위한 것이다.
휴직의 효력으로 직무에 종사하지 못하나 공무원의 신분은 유지하고 있으므로 휴직 중에 신분상의 의무를 위반하였을 때에는 징계처분 대상이 될 수도 있으며 직권면직처분도 가능하다.
또한 휴직 중에 정년 및 명예퇴직 신청도 가능하므로 이 경우 별도의 복직절차 없이 바로 퇴직 또는 면직 처분할 수 있다. 그러나 육아휴직 및 고용휴직 등은 휴직기간이 호봉승급 특례로 인정되는 경우에는 복직절차를 거쳐 호봉을 재획정한 다음에 면직시켜 퇴직금 산정에 손실이 없도록 해야 한다.

휴직기간 만료 및 휴직사유 소멸 시 복직
휴직사유가 소멸된 때 30일 이내에 복직을 신고하면 지체 없이 당연히 복직시켜야 한다.
이때 휴직기간 만료로 복귀신고 후 복직발령일까지 소요되는 기간은 휴직기간으로 보아야 한다.
휴직기간 만료 전 휴직사유가 소멸되어 복직을 원할 경우에는 입증할 만한 증빙서류를 제출해야 한다.
휴직기간 만료 또는 휴직 사유 소멸 후에도 30일 이내에 직무에 복귀하지 않거나 직무를 담당할 수 없는 경우 휴직기간이 끝난 날 또는 휴직사유 소멸일을 임용일자로 소급하여 면직시킬 수 있다.

휴직관련 결원보충
6개월 이상 휴직하는 경우 당해 공무원의 휴직일로부터 결원보충을 인정한다.
휴직기간이 6개월 미만인 휴직은 「교육공무원법」 제44조 제1항 제3호인 생사불명인 휴직기간은 3월 이내이며 제7호의2인 입양휴직 기간은 입양자녀 1명에 대하여 6개월 이내로 한다고 되어 있다.
「교육공무원법」 제53조 제2항에는 질병휴직, 병역휴직, 법정의무 수행휴직, 고용휴직, 유학휴직, 국내 연수휴직, 육아휴직, 간병휴직, 동반휴직, 노조전임자휴직 등은 6개월 이상 휴직하는 경우에는 해당 공무원의 휴직일부터 결원보충을 인정하도록 되어 있으나 일부 교육청에서는 질병휴직을 인정하지 않는 것은 법 해석을 잘못하고 있다고 보아야 한다.
특히 출산휴가와 육아휴직을 연속하여 사용하는 경우에는 출산휴가일부터 후임자를 보충할 수 있도록 되어 있음에도 불구하고 이해 부족으로 적용하지 않는 예도 있다.
물론 해당 교육청에서 결원보충할 인원이 없을 경우에는 기간제 교원을 임용해야 할 것이다.

휴직 시 유의할 점
휴직사유의 소멸 또는 휴직기간이 만료된 후 다른 사유로 계속 휴직을 하고자 할 경우에는 당초 휴직에 대하여 복직신고를 함과 동시에 다른 사유로의 휴직신청을 하면 된다. 임용권자는 합당하다고 인정되는 경우에는 복직명령과 동시에 휴직명령을 같은 날에 발령할 수 있다.
휴직 중인 자가 휴직기간 범위 내에서 휴직기간을 연장하고자 할 때에는 휴직기간 만료일 15일 전까지 연장신청을 하여야 한다. 휴직 중인 자는 6개월마다 소재지, 연락처 등과 휴직사유의 계속 여부를 소속기관장에게 통보해야 하며, 소속기관장은 휴직자의 실태를 파악하고 있어야 한다.
「교육공무원법」 제44조 제1항 제7호인 육아휴직 또는 제10호인 동반휴직 사유로 인하여 2년 이상 휴직한 교원이 복직하고자 할 때에는 연수를 받도록 되어 있다.
그러나 일부 학교에서는 병역 휴직 등으로 2년 이상 휴직한 교원도 연수 대상으로 선발하는 예가 있다.

휴직의 종류 및 사유
※ 「교육공무원법」 제44조(휴직)
제44조(휴직) ① 교육공무원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 휴직을 원하는 경우에는 임용권자는 휴직을 명할 수 있다. 다만, 제1호 내지 제4호 및 제11호의 경우에는 본인의 의사에도 불구하고 휴직을 명하여야 하고, 제7호 및 제7호의2의 경우에는 본인이 원하는 경우 휴직을 명하여야 한다.
1. 신체상 · 정신상의 장애로 장기요양이 필요할 때(불임 · 난임으로 인하여 장기간의 치료가 필요한 때를 포함한다)
2. 「병역법」에 의한 병역의 복무를 위하여 징집 또는 소집된 때
3. 천재 · 지변 또는 전시 · 사변이나 기타의 사유로 인하여 생사 또는 소재가 불명하게 된 때
4. 기타 법률의 규정에 의한 의무를 수행하기 위하여 직무를 이탈하게 된 때
5. 학위취득을 목적으로 해외유학을 하거나 외국에서 1년 이상 연구 또는 연수하게 된 때
6. 국제기구, 외국기관, 국내외의 대학 · 연구기관, 다른 국가기관, 재외교육기관(「재외국민의 교육지원 등에 관한 법률」 제2조 제2호의 재외교육기관을 말한다) 또는 대통령령으로 정하는 민간단체에 임시로 고용될 때
7. 만 8세 이하(취학 중인 경우에는 초등학교 2학년 이하를 말한다)의 자녀를 양육하기 위하여 필요하거나 여성 교육공무원이 임신 또는 출산하게 된 때
7의2. 만 19세 미만의 아동(제7호에 따른 육아휴직의 대상이 되는 아동은 제외한다)을 입양할 때
8. 교육과학기술부장관이 지정하는 국내의 연구기관이나 교육기관 등에서 연수하게 된 때
9. 사고 또는 질병 등으로 장기간의 요양을 요하는 부모, 배우자, 자녀 또는 배우자의 부모의 간호를 위하여 필요한 때
10. 배우자가 국외근무를 하게 되거나 제5호에 해당하게 된 때
11. 「교원의 노동조합설립 및 운영 등에 관한 법률」 제5조의 규정에 의하여 노동조합 전임자로 종사하게 된 때
※ 「사립학교법」 제59조(휴직) 부분은 2011. 7. 21 법률 일부 개정 시 개정되지 않아 질병휴직(불임 · 난임 포함), 육아휴직, 입양휴직 등은 교육공무원과 달리 운영되고 있음

휴직사유로는 본인의 의사에도 불구하고 휴직을 명하는 직권휴직과 본인의 의사에 따라 휴직을 명하는 청원휴직으로 구분할 수 있다.
직권휴직으로는 「교육공무원법」 제44조 제1항 제1호인 질병휴직, 제2호인 병역휴직, 제3호인 생사불명휴직, 제4호인 법정의무수행휴직, 제11호인 노조전임휴직으로 구분할 수 있으며, 청원휴직으로는 제7호인 육아휴직, 제7호의2인 입양휴직, 제5호인 유학휴직, 제6호인 고용휴직, 제8호인 국내연수휴직, 제9호인 간병휴직, 제10호인 동반휴직으로 구분할 수 있다. 육아휴직은 「교육공무원법」 제44조 제1항 제7호에 근거하여 만 8세 이하(취학 중인 경우에는 초등학교 2학년 이하를 말한다)의 자녀를 양육하기 위하여 필요하거나 여성 교육 공무원이 임신 또는 출산하게 된 때 육아휴직 사유가 되며, 휴직기간은 자녀 1인에 대하여 1년(여성교육공무원은 3년) 이내로 하되 분할하여 실시할 수 있다. 휴직기간 중 다른 자녀의 임신 · 출산 · 양육 등으로 계속휴직을 원할 경우 복직 후 다시 휴직해야 한다.
육아휴직의 기간을 경력(근속기간)에 산입하는 경우 1자녀에 대해 최초 1년만 인정하므로 쌍생아의 경우 첫째 자녀의 휴직을 먼저 실시하고 둘째 자녀에 대해 다시 휴직을 해야 각각의 자녀에 대한 휴직기간 중 최초 1년의 기간씩을 존속기간으로 인정받을 수 있다.
자녀 1명에 대한 총 휴직기간이 1년이 넘는 경우에는 최초 1년을 승급기간에 산입하되, 셋째 이후의 자녀에 대한 휴직기간은 전 기간을 산입하도록 공무원보수규정이 개정되었다.
임면권자는 육아휴직 및 입양휴직에 따른 이유로 인사상 불리한 처우를 해서는 안된다.

입양휴직 사유 및 기간
입양휴직은 「교육공무원법」 제44조 제1항 제7의2에 근거하여 만 19세 미만의 아동(제7호에 따른 육아휴직의 대상이 되는 아동은 제외한다)을 입양할 때 입양휴직의 사유에 해당되며, 휴직기간은 입양자녀 1인에 대하여 6개월 이내로 한다.

연령무관, 초등 2학년 이하 자녀만 휴직
육아휴직이 가능한 대상 아동은 만 8세 이하의 자녀이나 다만 취학 중인 자녀의 경우에는 연령과 관계없이 초등학교 2학년 이하의 자녀에 대해서는 휴직이 가능하다고 교육과학기술부에서 유권해석을 하였다.
예를 들어 만 9세의 아동으로 초등학교 2학년에 다니고 있는 자녀는 육아휴직이 가능하나 만 8세의 초등학교 3학년 자녀의 대상으로는 육아휴직이 불가능한 것이다.
만 8세 이하는 만 9세 미만을 의미하며 초등학교 2학년은 2학년 2학기가 끝나는 다음 연도 2월 말까지를 의미한다. 예를 들어 2011년 현재 초등학교 2학년에 취학 중이고 2003년 5월 15일생인 자녀의 경우 연령기준에 의하면 2012년 5월 14일까지 휴직이 가능하다. 취학기준에 따라 현재 초등학교 2학년이므로 2학년 2학기가 끝나는 다음연도 2012년 2월 29일까지 육아휴직이 가능한 기간이다.

육아휴직일로부터 최초 1년 이내 수당지급
‘휴직일로부터 최초 1년 이내’란 최초 휴직한 날로부터 휴직기간을 기준으로 1년 이내를 말한다. 따라서 동일자녀에 대하여 육아휴직(1년 미만) 후 복직하였다가 다시 육아휴직(잔여기간)한 경우 및 육아휴직(1년) 후 휴직기간을 연장하는 경우에도 최초 휴직일로부터 기산하여 휴직기간의 1년 범위에서 육아휴직수당을 지급한다.
육아휴직수당의 지급기간은 자녀 1명당 휴직일로부터 최초 1년 이내이므로 쌍생아의 경우 첫째 자녀에 대해 육아휴직 수당을 지급받았다면 복직한 후 둘째 자녀에 대해 육아휴직을 반드시 다시 신청해야 수당을 지급받을 수 있다.
그리고 부부 공무원인 경우에는 동일 자녀에 대하여 각각 육아휴직을 할 수 있으며 육아휴직 수당도 각각 지급받을 수 있다.

육아휴직수당 지급액
육아휴직수당은 「공무원수당 등에 관한 규정」에 근거하여 지급한다.
육아휴직 개시일 현재 육아휴직 공무원 호봉기준 월 봉급액의 40퍼센트에 해당하는 금액을 지금하되 월 봉급액의 40퍼센트에 해당하는 금액이 100만 원을 초과하는 경우에는 100만 원을, 50만 원 미만일 경우에는 50만 원을 지급한다.
그러나 육아휴직기간 중 총지급액에서 15퍼센트에 해당하는 금액을 빼고 남은 금액을 지급하되, 남은 금액이 50만 원 미만일 경우에는 50만 원을 지급한다.
※ 총지급액이 50만 원 미만에 해당하는 경우에는 50만 원을 지급함

육아휴직이 끝나 복직한 후의 조치
총지급액의 15퍼센트에 해당하는 금액(총 지급액에서 15퍼센트를 뺀 금액이 50만 원 미만이어서 육아휴직기간 중 50만 원을 지급받은 경우에는 총 지급액에서 50만 원을 빼고 남은 금액)은 휴직종료 후 복직하여 6개월 이상 계속하여 근무한 경우 7개월째 보수지급일에 합산하여 일시불로 지급한다.
복직 후 6개월경과 이전에 퇴직하는 경우에는 육아휴직 수당 15퍼센트는 지급하지 아니한다.