교원공제회에 대한 조세감면 혜택이 폐지된 후 공제회 가입 교원들의 경제적 손실은 물론 공제회 운영에까지 큰 지장을 받다. 특히 99년부터 이자소득세가 부과돼 교직원들이 재직중 공제회에 적립한 장기급여금과 일시금으로 받은 공적연금 등 목돈을 공제회에 예탁한 퇴직교원들의 노후생활 계획이 큰 혼란을 빚는 등 공제회에 가입한 전·현직 교원들의 불만이 고조되고 있다. 교원공제회에 대한 조세부과는 설립초인 71년부터 98년까지 소득세를 비과세 해왔으나 99년부터 과세하고 있고, 지방세 역시 71∼81년까지는 면세했으나 82∼96년 사이 취득세·등록세·재산세·종토세 등은 50% 감면해줬으나 97년부터는 100% 과세하고 있다. 현재의 이자소득 세율은 22%이다. 이에따라 공제회가 금년도에 납부할 이자소득세는 870억에 이르며 지난해에는 708억을 납세한 바 있다. 공제회측은 교직원의 생활안정과 복리증진을 위해 공제회가 특별법으로 설립된 비영리 공적기관임에도 불구하고 영리목적의 일반 금융기관이나 보험회사가 판매하는 비과세·세제우대 금융·보험상태 보다 불이익을 받고 있다고 주장하고 있다. 또 영리법인인 일반 금융기관이나 보험회사의 경우 책임준비금 부족분 한도내에서 수익금을 전액 비용으로 인정, 비과세하고 있으나 공제회만 유독 책임준비금 범위비용을 인정하지 않고있는 것도 조세형평주의에 맞지 않는다고 항변하고 있다. 이와같은 문제점은 지난달 28일 열린 공제회 대의원회에서 크게 부각되었다. 조선제 이사장은 한국교총 등 교직단체들과 협의해 조세특례제한법 개정을 통해 퇴직교원이 공제회에 저축한 예탁금에 대해서 이자소득제를 부과하지 않도록 하고, 법인세법을 개정해 공제회에 대한 책임준비금이 전액 적립시까지 손비인정될 수 있도록 하는 등의 법·제도보완을 추진하겠다고 말했다.