교육부는 일선 학교의 요구를 반영해 제반 납입금에 대한 지로 수수료 면제를 금융당국에 거듭 요구하고 있으나 개선의 기미가 보이지 않고 있다. 이와 관련 교육부는 10일 한나라당 황우여 의원이 요구한 국감 자료를 통해 "금융결제원과 협의를 계속해 나가는 한편 학교로 하여금 지로이용 수수료가 없는 스쿨뱅킹 등을 적극 활용하도록 유도해 나갈 계획"이라고 밝혔다. 교육부는 이 자료에서 지난해 11월 4일과 올 5월 30일 금융결제원에 학교는 공익기관이고 선공제로 인해 징수결정액과 수납액간 차이가 발생하는 회계처리 방식상의 문제점을 들어 지로 이용 수수료 부과 방안 철회를 요청했으나 금융결제원은 은행 경영환경 변화에 따른 불가피한 조치라며 수용이 곤란하다는 입장을 거듭 알려왔다고 밝혔다. 이에 따라 교육부는 지난 6월22일 금융결제원에 2002년부터 적용예정인 수수료 100% 부과 방안을 현행 수준인 50%선에서 동결되도록 협조 요청했으나 금융결제원은 이에 대해서도 회신을 통해 "학교의 공익적 성격을 감안한 지로수수료 면제 조치(1983∼2000년까지 지로수수료 면제액 110억 추정)는 더 이상 감내할 수 없는 상황"이라며 수용불가의 뜻을 알려왔다고 밝혔다.