교총은 헌법으로부터 부여된 사학의 설립·경영의 자유의 본질은 침해하지 않으면서 학생들이 올바른 교육을 받을 수 있고 교원들이 전문성을 충분히 실현하면서 교육의 자유를 누릴 수 있는 방안에 주안점을 두고 있다. 또한 행정권한의 과도한 개입은 교육의 자유를 침해할 수 있기 때문에 이에 대해서는 비판적 시각을 견지하고 있다.

이런 관점에서 사학의 자유를 본질적으로 침해하는 방안에 대해서는 반대하지만 상대적으로 이사 수 확대 및 친족비율 축소, 비리 임원 및 학교장 복귀 제한에는 찬성하고 있다.

또한 임원의 회계부정 자체로도 임원승인을 취소할 수 있도록 하고, 감사가 재정과 관련된 이사회에는 필수적으로 출석하는 방안을 제안하며, 임시이사 개설 방안과 관련해서도 사립학교법 24조 위반에 대한 벌칙 조항을 신설하자는 안을 제시하고 있다.

아울러 사학에서 3차례 이상 문제를 일으킨 경우 학교법인 또는 학교에의 복귀를 영구적으로 제한하는 '삼진아웃제' 도입을 주장한다. 특히 재정 관련 비리 임원에 대한 형사처벌을 강화해 현행 `2년 이하의 징역 또는 2000만원 이하의 벌금’을 `5년 이하의 징역 또는 3000만원 이하의 벌금’으로 강화하자고 제안하고 있다.